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- PDB-6t3t: Structure of the 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3t
タイトルStructure of the 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase from the thermoacidophilic methanotroph Methylacidiphilum fumariolicum SolV
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / thermoacidophile / methanotrophy / lysine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmitz, R. / Dietl, A. / Mueller, M. / Berben, T. / Op den Camp, H. / Barends, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of the 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase from the thermoacidophilic methanotroph Methylacidiphilum fumariolicum SolV and the phylogeny of the aminotransferase pathway.
著者: Schmitz, R.A. / Dietl, A. / Muller, M. / Berben, T. / Op den Camp, H.J.M. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7298
ポリマ－132,3454
非ポリマー3844
水13,529751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area40480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.060, 109.060, 107.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-702-

HOH

21A-511-

HOH

31A-667-

HOH

41A-677-

HOH

51D-569-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))
21(chain B and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))
31(chain C and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))
41(chain D and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))AB2 - 1162 - 116
12HISHISGLYGLY(chain A and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))AB118 - 180118 - 180
13PHEPHEALAALA(chain A and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))AB182 - 301182 - 301
21LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))BA2 - 1162 - 116
22HISHISGLYGLY(chain B and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))BA118 - 180118 - 180
23PHEPHEALAALA(chain B and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))BA182 - 301182 - 301
31LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))CC2 - 1162 - 116
32HISHISGLYGLY(chain C and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))CC118 - 180118 - 180
33PHEPHEALAALA(chain C and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))CC182 - 301182 - 301
41LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))DD2 - 1162 - 116
42HISHISGLYGLY(chain D and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))DD118 - 180118 - 180
43PHEPHEALAALA(chain D and (resid 2 through 116 or resid 118 through 180 or resid 182 through 301))DD182 - 301182 - 301

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要素

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 33086.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
参照: UniProt: I0JZ23, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M citric acid, 0.1 M lithium sulfate, 0.05 M sodium phosphate dibasic dihydrate, 19% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.773 Å / Num. obs: 74317 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 22.92 Å2 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5359 / Rrim(I) all: 0.739

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXG

2yxg


解像度: 2.1→48.773 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 3740 5.1 %
Rwork0.1808 --
obs0.1836 73398 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.19 Å2 / Biso mean: 24.4192 Å2 / Biso min: 11.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 0 20 751 10051
Biso mean--35.15 31.15 -
残基数----1200
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3600X-RAY DIFFRACTION6.791TORSIONAL
12B3600X-RAY DIFFRACTION6.791TORSIONAL
13C3600X-RAY DIFFRACTION6.791TORSIONAL
14D3600X-RAY DIFFRACTION6.791TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.12650.316620.2142262899
2.184-2.21520.26674360.21362308100
2.2834-2.32090.28494330.1982291100
2.4038-2.450.25723700.19982342100
2.5001-2.55440.25463870.19622353100
2.6138-2.67920.2531400.18772560100
2.6792-2.75160.24921710.19682551100
2.7516-2.83260.2755100.18422713100
2.8326-2.9240.24872840.1823240099
2.924-3.02850.22342580.18292491100
3.1497-3.29310.2342130.17862541100
3.2931-3.46660.20642010.17122504100
3.6838-3.96810.21151630.16032582100
3.9681-4.36720.21941570.15092591100
4.3672-4.99850.2082060.15122515100
4.9985-6.29550.22011580.19182599100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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