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万見
- PDB-4r53: dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni with vacant active si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r53
タイトルdihydrodipicolinate synthase from C. jejuni with vacant active site and vacant allosteric site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / schiff-base / aldolase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Conly, C.J.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Tyrosine 110 plays a critical role in regulating the allosteric inhibition of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase by lysine.
著者: Conly, C.J. / Skovpen, Y.V. / Li, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._chem_comp.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,22318
ポリマ－134,7914
非ポリマー1,43214
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area41450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.220, 97.560, 82.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 33697.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0806, dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 554分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG4000, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection数: 530418 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Χ2: 0.89 / D res high: 1.53 Å / Num. obs: 145171 / % possible obs: 84.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
1.531.631142316.236
1.631.741764514.14
1.741.882250912.65
1.882.062226211.379
2.062.32014010.606
2.32.651784310.356
2.653.251505910.177
3.254.581173410.071
反射解像度: 2→47 Å / Num. all: 77665 / Num. obs: 77665 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 4.46
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.53-1.630.0620.152337511423141.4
1.63-1.740.0620.294369117645167.7
1.74-1.880.0620.577484422509192.9
1.88-2.060.0621.259026122262199.7
2.06-2.30.0622.788312420140199.7
2.3-2.650.0624.767496417843199.8
2.65-3.250.0628.446346415059199.8
3.25-4.580.06216.364930111734199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.568
最高解像度最低解像度
Rotation46.02 Å2.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.019 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 3883 5 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
all0.1754 77665 --
obs0.1754 77659 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.31 Å2 / Biso mean: 22.3023 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9086 0 92 540 9718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92812574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1923522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.02450.32891380.259326182756100
2.0245-2.05010.2571370.242526012738100
2.0501-2.07710.26231400.236726592799100
2.0771-2.10550.30221370.233326082745100
2.1055-2.13560.27671380.23626132751100
2.1356-2.16750.24491380.215126322770100
2.1675-2.20130.23231410.190726662807100
2.2013-2.23740.25381360.195725832719100
2.2374-2.2760.2471380.20442638277699
2.276-2.31740.24571390.192426262765100
2.3174-2.3620.22751380.179226222760100
2.362-2.41020.21791370.169826202757100
2.4102-2.46260.20531380.172926102748100
2.4626-2.51990.22411380.1726262764100
2.5199-2.58290.20281400.162726602800100
2.5829-2.65270.21651380.163826292767100
2.6527-2.73080.2311370.163226142751100
2.7308-2.81890.1781390.165226292768100
2.8189-2.91960.21551390.169526442783100
2.9196-3.03650.21211390.166826472786100
3.0365-3.17470.19091390.159426342773100
3.1747-3.3420.20771380.163226352773100
3.342-3.55130.19461400.161426572797100
3.5513-3.82540.18981390.150126332772100
3.8254-4.21010.17431390.142426442783100
4.2101-4.81870.19321400.145626702810100
4.8187-6.06890.20291400.171726582798100
6.0689-46.03110.17671430.16462700284399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.0618 Å / Origin y: -0.0965 Å / Origin z: 14.4207 Å
111213212223313233
T0.0981 Å20.0001 Å20.0021 Å2-0.0808 Å2-0.0162 Å2--0.1017 Å2
L0.3835 °2-0.1175 °20.174 °2-0.4571 °2-0.1415 °2--0.437 °2
S0.0017 Å °-0.0244 Å °0.0342 Å °0.0323 Å °0.0017 Å °-0.0397 Å °0.0035 Å °-0.0398 Å °-0.0024 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 298
3X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 298
5X-RAY DIFFRACTION1allD - C1 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1allC - D1 - 712
7X-RAY DIFFRACTION1allD - B2 - 301
8X-RAY DIFFRACTION1allC - B2 - 303
9X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 304
10X-RAY DIFFRACTION1allA - C1 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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