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Yorodumi- PDB-4mlr: dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mlr | ||||||
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Title | dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with pyruvate and Lysine | ||||||
Components | dihydrodipicolinate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / schiff-base / aldolase / TIM barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | campylobacter jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Conly, C.J.T. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine. Authors: Conly, C.J. / Skovpen, Y.V. / Li, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mlr.cif.gz | 906.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mlr.ent.gz | 755.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mlr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ly8SC 4m19C 4mljC 4r53C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 33750.770 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: Y110F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) campylobacter jejuni (Campylobacter) / Gene: dapA / Plasmid: pQE-80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-blue References: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 229 molecules
#2: Chemical | ChemComp-LYS / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 17% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 mM TRIS, pH 8.5, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KOHZU double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→43.45 Å / Num. all: 116487 / Num. obs: 116487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 43.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 4.5 / Scaling rejects: 3672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LY8 Resolution: 2.2→43.446 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7511 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.53 Å2 / Biso mean: 50.2732 Å2 / Biso min: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.446 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 45.0656 Å / Origin y: -16.0673 Å / Origin z: 95.0766 Å
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Refinement TLS group |
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