PDB-4mlr: dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mlr

タイトル

dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with pyruvate and Lysine

要素

dihydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

schiff-base (シッフ塩基) /

aldolase /

TIM barrel (TIMバレル)

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase /

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Conly, C.J.T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
著者: Conly, C.J. / Skovpen, Y.V. / Li, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2013年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mlr.cif.gz	906.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mlr.ent.gz	755.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ly8SC 4m19C 4mljC 4r53C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f1u-d 5f1v-d 4m19-d 6u01-1 4mlj-d 6tzu-1 6mqh-1 6u01-2 3flu-d 4eou-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dihydrodipicolinate synthase

B: dihydrodipicolinate synthase

C: dihydrodipicolinate synthase

D: dihydrodipicolinate synthase

E: dihydrodipicolinate synthase

F: dihydrodipicolinate synthase

G: dihydrodipicolinate synthase

H: dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

273 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dihydrodipicolinate synthase

B: dihydrodipicolinate synthase

C: dihydrodipicolinate synthase

D: dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: dihydrodipicolinate synthase

F: dihydrodipicolinate synthase

G: dihydrodipicolinate synthase

H: dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.983, 97.610, 131.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	dihydrodipicolinate synthase / / HTPA synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 分子量: 33750.770 Da / 分子数: 8 / 変異: Y110F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue 参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

#1: タンパク質

dihydrodipicolinate synthase /

/ HTPA synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

分子量: 33750.770 Da / 分子数: 8 / 変異: Y110F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
参照: UniProt: Q9PPB4,

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 7種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 17% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 mM TRIS, pH 8.5, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日

放射

モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→43.45 Å / Num. all: 116487 / Num. obs: 116487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.17 % / B_iso Wilson estimate: 43.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.15 / Net I/σ(I): 4.5 / Scaling rejects: 3672

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	4.24	0.784	1.4	49430	11634	1.31	100
2.28-2.37	4.25	0.732	1.6	49397	11594	1.26	100
2.37-2.48	4.25	0.699	1.7	49394	11616	1.26	100
2.48-2.61	4.25	0.631	1.9	49257	11583	1.24	100
2.61-2.77	4.23	0.554	2.2	49300	11628	1.23	100
2.77-2.99	4.21	0.465	2.7	49228	11652	1.23	100
2.99-3.29	4.14	0.347	3.5	48396	11624	1.23	99.9
3.29-3.76	3.99	0.186	5.7	47271	11653	1.03	99.7
3.76-4.74	4.08	0.086	11.5	48529	11667	0.82	99.7
4.74-43.45	4.07	0.076	13.3	49283	11836	0.83	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.9.7L	データスケーリング
d*TREK	9.9.9.7L	データ削減
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_1356	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8

解像度: 2.2→43.446 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7511 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2689	5833	5.01 %	random
R_work	0.2145	-	-	-
all	0.2172	116434	-	-
obs	0.2172	116434	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.53 Å² / B_iso mean: 50.2732 Å² / B_iso min: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.446 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18178	0	206	202	18586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	18685
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	25193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.01	7055

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3878	202	0.33	3710	3912	100
2.225-2.2512	0.3831	187	0.3542	3601	3788	100
2.2512-2.2786	0.4111	196	0.3419	3729	3925	100
2.2786-2.3075	0.4174	205	0.3295	3645	3850	100
2.3075-2.3378	0.3572	194	0.3132	3706	3900	100
2.3378-2.3699	0.33	198	0.3032	3644	3842	100
2.3699-2.4037	0.3655	187	0.296	3665	3852	100
2.4037-2.4396	0.349	178	0.2898	3703	3881	100
2.4396-2.4777	0.3712	208	0.2852	3673	3881	100
2.4777-2.5183	0.3708	172	0.2781	3701	3873	100
2.5183-2.5617	0.3511	207	0.259	3652	3859	100
2.5617-2.6083	0.3383	184	0.2538	3665	3849	100
2.6083-2.6585	0.3264	201	0.2537	3682	3883	100
2.6585-2.7127	0.3297	189	0.2506	3687	3876	100
2.7127-2.7717	0.3483	181	0.2492	3685	3866	100
2.7717-2.8362	0.3647	201	0.2651	3706	3907	100
2.8362-2.9071	0.3027	183	0.2575	3681	3864	100
2.9071-2.9857	0.3186	191	0.2587	3687	3878	100
2.9857-3.0735	0.3009	169	0.251	3700	3869	100
3.0735-3.1727	0.3019	220	0.2353	3678	3898	100
3.1727-3.286	0.2912	196	0.2356	3656	3852	100
3.286-3.4176	0.2837	231	0.2417	3663	3894	100
3.4176-3.573	0.3151	214	0.2203	3664	3878	100
3.573-3.7613	0.2538	180	0.1954	3698	3878	100
3.7613-3.9968	0.2536	182	0.1851	3693	3875	100
3.9968-4.3052	0.2326	198	0.1688	3723	3921	100
4.3052-4.7379	0.1767	175	0.1531	3693	3868	100
4.7379-5.4224	0.2044	224	0.164	3694	3918	99
5.4224-6.8274	0.2193	178	0.1932	3735	3913	100
6.8274-43.4546	0.2016	202	0.1723	3782	3984	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 45.0656 Å / Origin y: -16.0673 Å / Origin z: 95.0766 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3279 Å²	-0.009 Å²	0.0446 Å²	-	0.2828 Å²	0.0062 Å²	-	-	0.3254 Å²
L	0.3176 °²	-0.0909 °²	0.3279 °²	-	0.1575 °²	-0.1043 °²	-	-	0.3591 °²
S	0.0347 Å °	-0.0649 Å °	-0.0025 Å °	0.041 Å °	-0.0168 Å °	0.0301 Å °	0.0843 Å °	-0.037 Å °	-0.0165 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3 - 297
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	5 - 298
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	3 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	3 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	4 - 298
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 301
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 301
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 301
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 301
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 302
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 301
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 302
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 302
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 302
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 303
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 303
23	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 302
24	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 301
25	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 303
26	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 302
27	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B - D	1 - 423
28	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 303
29	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 303
30	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 304
31	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 305
32	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 304
33	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 304
34	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 306
35	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 303
36	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)