[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4onv: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4onv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with 2-Keto-3-deoxy gluconate | ||||||
Components | Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE | ||||||
Keywords | LYASE / tim barrel / NAL superfamily / Aldolase class I | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.57 Å | ||||||
Authors | Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with 2-Keto-3-deoxy gluconate Authors: Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S. #1: Journal: Proteins / Year: 2008 Title: Crystal structure of YagE, a putative DHDPS-like protein from Escherichia coli K12. Authors: Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L. #2: Journal: Proteins / Year: 2011 Title: Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis. Authors: Bhaskar, V. / Kumar, M. / Manicka, S. / Tripathi, S. / Venkatraman, A. / Krishnaswamy, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4onv.cif.gz | 235 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4onv.ent.gz | 196.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4onv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37013.172 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 / Gene: b0268, JW0261, yagE / Plasmid: pET28A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P75682, Lyases; Carbon-carbon lyases; Aldehyde-lyases #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-KDG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.19 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch under oil / pH: 6.5 Details: 15%PEG 3350, 100mM Hepes pH 6.5, 200mM MgCl2, Microbatch under oil, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: May 28, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.974 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→19.79 Å / Num. obs: 83685 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.405 / Net I/σ(I): 4.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.57→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 13.446 / SU ML: 0.293 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.375 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.637 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.57→19.79 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|