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Yorodumi- PDB-3nev: Crystal structure of YagE, a prophage protein from E. coli K12 in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nev | ||||||
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Title | Crystal structure of YagE, a prophage protein from E. coli K12 in complex with KDGal | ||||||
Components | Uncharacterized protein yagE | ||||||
Keywords | LYASE / TIM Barrel / Protein-Ligand Complex / Aldolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Bhaskar, V. / Kumar, P.M. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2011 Title: Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis. Authors: Bhaskar, V. / Kumar, M. / Manicka, S. / Tripathi, S. / Venkatraman, A. / Krishnaswamy, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nev.cif.gz | 243.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nev.ent.gz | 195.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nev.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3nev_validation.pdf.gz | 482.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3nev_full_validation.pdf.gz | 496.3 KB | Display | |
Data in XML | 3nev_validation.xml.gz | 49.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3nev_validation.cif.gz | 69.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nev | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3n2xC 2v8zS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 1 - 298
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32119.775 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 12-309 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: b0268, JW0261, yagE / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P75682 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-RSH / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: 100mM HEPES pH 6.5, 200mM MgCl2, 25% PEG 3350, 50mM PYRUVATE, 50mM GLYCERALDEHYDE, Microbatch, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.95374 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Date: Apr 29, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95374 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→49.18 Å / Num. obs: 63549 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.753 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 14.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2V8Z Resolution: 2.19→49.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU B: 5.364 / SU ML: 0.137 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.212 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.83 Å2 / Biso mean: 20.613 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→49.18 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.191→2.248 Å / Total num. of bins used: 20
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