PDB-4onv: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4onv

タイトル

Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with 2-Keto-3-deoxy gluconate

要素

Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

tim barrel (TIMバレル) / NAL superfamily / Aldolase class I

機能・相同性

機能・相同性情報

2-デヒドロ-3-デオキシ-D-吉草酸アルドラーゼ / aldonic acid catabolic process /

2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with 2-Keto-3-deoxy gluconate
著者: Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4onv.cif.gz	235 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4onv.ent.gz	196.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4onv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4oe7-d 4u4m-d 2v8z-d 2v9d-d 3nev-d 3n2x-d 4ptn-d 3cpr-1 4uxd-d 3eb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

B: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

C: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

D: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.170, 155.410, 55.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	12 - 309
2	1	B	12 - 309
1	2	A	12 - 309
2	2	C	12 - 309
1	3	A	12 - 309
2	3	D	12 - 309
1	4	B	12 - 309
2	4	C	12 - 309
1	5	B	12 - 309
2	5	D	12 - 309
1	6	C	12 - 309
2	6	D	12 - 309

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE / Probable KDGal aldolase YagE 分子量: 37013.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0268, JW0261, yagE / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P75682, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-KDG / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 2-ケト-3-デオキシグルコン酸分子量: 178.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5 詳細: 15%PEG 3350, 100mM Hepes pH 6.5, 200mM MgCl2, Microbatch under oil, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.974 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.974 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→19.79 Å / Num. obs: 83685 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.405 / Net I/σ(I): 4.81

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.04		0.035	0.44	1	91.2
2.04-2.1		0.035	0.69	1	99.3
2.1-2.16		0.035	0.9	1	99.4
2.16-2.22		0.035	1.11	1	99.4
2.22-2.3		0.035	1.28	1	99.5
2.3-2.38		0.035	1.58	1	99.6
2.38-2.47		0.035	1.93	1	99.5
2.47-2.57		0.035	2.33	1	99.5
2.57-2.68		0.035	2.73	1	99.6
2.68-2.81		0.035	3.02	1	99.5
2.81-2.96		0.035	3.74	1	99.5
2.96-3.14		0.035	4.92	1	99.4
3.14-3.36		0.035	6.87	1	99.3
3.36-3.63		0.035	9.5	1	99.1
3.63-3.98		0.035	11.75	1	99
3.98-4.45		0.035	14.67	1	99
4.45-5.13		0.035	15.94	1	98.8
5.13-6.29		0.035	12.9	1	99.1
6.29-8.89		0.035	19.96	1	98.4
	8.89	0.035	30.87	1	87.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.57→19.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 13.446 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2845	1970	5 %	RANDOM
R_work	0.24658	-	-	-
obs	0.24848	37422	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.83 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.57→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9037	0	182	200	9419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	9395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.98	12737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	3	21094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.004	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.236	24.453	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.102	15	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.325	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.229	2.21	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.228	2.21	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.965	3.311	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.316	2.361	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18309	0.1
1	2	B	18309	0.1
2	1	A	18240	0.1
2	2	C	18240	0.1
3	1	A	18344	0.1
3	2	D	18344	0.1
4	1	B	18289	0.1
4	2	C	18289	0.1
5	1	B	18728	0.09
5	2	D	18728	0.09
6	1	C	18542	0.1
6	2	D	18542	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.57→2.636 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	142	-
R_work	0.317	2699	-
obs	-	-	99.54 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)