+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bva | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cystal structure of HIV-1 Active Site Mutant D25N and p2-NC analog inhibitor | ||||||
要素 | Protease (Retropepsin) | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DRUG RESISTANCE (薬剤耐性) / HIV-1 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, F. / Weber, I.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Effect of the Active Site D25N Mutation on the Structure, Stability, and Ligand Binding of the Mature HIV-1 Protease. 著者: Sayer, J.M. / Liu, F. / Ishima, R. / Weber, I.T. / Louis, J.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Solution structure of the mature HIV-1 protease monomer: insight into the tertiary fold and stability of a precursor. 著者: Ishima, R. / Torchia, D.A. / Lynch, S.M. / Gronenborn, A.M. / Louis, J.M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S. 著者: Liu, F. / Boross, P.I. / Wang, Y.F. / Tozser, J. / Louis, J.M. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bva.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3bva.ent.gz | 84.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bva | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10739.691 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D25N, L33I, L63I, C67A, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: GAG-POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2NC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR 2NC IS A P2/NC ANALOG. IT HAS A REDUCED PEPTIDE BOND ISOSTERE [CH2-NH] IN PLACE OF ...THE INHIBITOR 2NC IS A P2/NC ANALOG. IT HAS A REDUCED PEPTIDE BOND ISOSTERE [CH2-NH] IN PLACE OF THE SCISSILE AMIDE | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 10% SODIUM CHLORIDE, CITRATE-PHOSPHATE BUFFER, 7-8% DMSO, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→50 Å / Num. all: 102685 / Num. obs: 97551 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 82.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: PDB entry 1DAZ 解像度: 1.05→10 Å / Num. parameters: 17901 / Num. restraintsaints: 23143 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 37 / Occupancy sum hydrogen: 1663.41 / Occupancy sum non hydrogen: 1775.83 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|