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- PDB-3bun: Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bun
タイトルCrystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty4
要素
  • 13-meric peptide from Protein sprouty homolog 4
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Cbl / TKB / ligase (リガーゼ) / signal transduction (シグナル伝達) / proto-oncogene (がん遺伝子) / complex / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Developmental protein (ヒトの発達) / Membrane (生体膜) / Calcium (カルシウム) / Metal-binding / Phosphoprotein / SH2 domain (SH2ドメイン) / Ubl conjugation pathway / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / animal organ development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of Rap protein signal transduction / entry of bacterium into host cell / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / animal organ development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of Rap protein signal transduction / entry of bacterium into host cell / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / mast cell degranulation / response to testosterone / Interleukin-6 signaling / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to starvation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / protein monoubiquitination / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / protein autoubiquitination / FLT3 signaling by CBL mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of MAP kinase activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / response to activity / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / response to gamma radiation / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / EGFR downregulation / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Constitutive Signaling by EGFRvIII / 繊毛 / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / SH3 domain binding / protein polyubiquitination / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cytokine-mediated signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / male gonad development / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / ubiquitin protein ligase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / 成長円錐 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / cadherin binding / 脂質ラフト / focal adhesion / DNA damage response / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein sprouty homologue 4 / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl ...Protein sprouty homologue 4 / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / EFハンド / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Protein sprouty homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for a novel intrapeptidyl H-bond and reverse binding of c-Cbl-TKB domain substrates
著者: Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年9月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn ...entity / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.details ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct.pdbx_descriptor / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 13-meric peptide from Protein sprouty homolog 4
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7762
ポリマ－39,7762
非ポリマー00
水6,377354
1
A: 13-meric peptide from Protein sprouty homolog 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5841
ポリマ－1,5841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1921
ポリマ－38,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7.7 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.851, 122.851, 55.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from Protein sprouty homolog 4 / Spry-4 / Sprouty-4


分子量: 1583.527 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-58, pTyr-53 phosphopeptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C004
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 1
断片: c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55
Plasmid details: Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NA/K TARTRATE, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 31352 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.817 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.0713.70.15126550.41782.1
2.07-2.1514.20.13328530.45388.4
2.15-2.2515.10.11330390.50994.4
2.25-2.3716.10.131920.53898.5
2.37-2.5217.50.09132390.585100
2.52-2.7118.80.07732310.681100
2.71-2.9919.70.07332601.176100
2.99-3.4220.70.06132561.163100
3.42-4.31210.04432831.07199.9
4.31-5022.10.03733441.00399.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBL

2cbl


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2128 6.5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-31294 96.2 %-
溶媒の処理Bsol: 47.686 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 41.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.038 Å23.791 Å20 Å2
2--13.038 Å20 Å2
3----26.076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2552 0 0 354 2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.364
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ptr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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