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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b1q | ||||||
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タイトル | Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK) in complex with inosine | ||||||
要素 | Ribokinase, putativeリボキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / kinase (キナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Mg binding / Nucleoside binding (ヌクレオシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / kinase activity / リン酸化 / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia thailandensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structures of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase: implications for the catalytic mechanism and nucleoside selectivity 著者: Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b1q.cif.gz | 723.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b1q.ent.gz | 597.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 35751.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I1158 / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88 / 参照: UniProt: Q2SZE4, EC: 2.7.1.143 |
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-非ポリマー , 5種, 1092分子
#2: 化合物 | ChemComp-NOS / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-P33 / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: 0.1M Na acetate, 0.2M Ca acetate, 26% PEG 400, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 208756 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3B1N 解像度: 1.7→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.774 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.609 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.704→1.748 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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