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- PDB-3b1o: Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK)... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b1o | ||||||
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Title | Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK) in ligand-free form | ||||||
![]() | Ribokinase, putative | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann Fold / kinase / ATP binding / Mg binding / Nucleoside binding | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase: implications for the catalytic mechanism and nucleoside selectivity Authors: Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 246.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 201 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3b1nSC ![]() 3b1pC ![]() 3b1qC ![]() 3b1rC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35751.480 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 9.3 Details: 0.1M CHES, 0.2M NaCl, 1.4M ammonium sulfate, pH 9.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2010 |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 35578 / Num. obs: 35578 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3B1N Resolution: 2.1→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 13.86 / SU ML: 0.185 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.233 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.876 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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