PDB-3aoe: Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aoe

タイトル

Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus (Leu bound form)

要素

(Glutamate dehydrogenase

グルタミン酸デヒドロゲナーゼ) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) /

glutamate dehydrogenase (グルタミン酸デヒドロゲナーゼ) /

dehydrogenase (脱水素酵素) /

NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド)

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / amino acid metabolic process /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: An unique allosteric regulation revealed by hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus
著者: Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2010年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aoe.cif.gz	914.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aoe.ent.gz	769 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b26S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yei-d 6yeh-d 1b26-d 3sbo-d 2tmg-d 4fhn-3 4bht-d 1bvu-d 1euz-d 3k8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

272 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.986, 146.093, 158.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ分子量: 46168.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / 遺伝子: gdhB, TT_C1211 / プラスミド: pET-gdhA/gdhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72IC1, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: タンパク質	Glutamate dehydrogenase / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ分子量: 44615.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / 遺伝子: gdhA, TT_C1212 / プラスミド: pET-gdhA/gdhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72IC0, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#3: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / 詳細: leucine
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic (pH5.6), 1.0M ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月29日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30.22 Å / Num. all: 87634 / Num. obs: 87634 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B26

1b26

解像度: 2.6→30.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 24.844 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.944 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25961	4388	5 %	RANDOM
R_work	0.19257	-	-	-
obs	0.19594	83048	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18973	0	54	312	19339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	19421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.982	26413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.005	5	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.247	22.707	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.798	15	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.11	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.593	1.5	12442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	19808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.923	3	6979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.307	4.5	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	356	-
R_work	0.236	5973	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5576	-0.1085	0.2528	0.6234	0.0792	0.1113	-0.0371	0.0337	0.1452	-0.04	-0.036	-0.0726	-0.0157	0.0011	0.073	0.0135	-0.0042	-0.0058	0.0362	0.0577	0.1164	47.384	51.0367	6.395
2	0.1963	0.0917	0.186	0.4593	0.1756	0.6601	-0.011	0.0825	0.0215	-0.0741	0.0211	-0.0473	0.0341	-0.0176	-0.0101	0.0211	-0.022	0.0026	0.1088	0.0328	0.0155	52.0899	10.585	-21.4635
3	0.3236	-0.0581	-0.144	0.4672	0.161	0.7556	-0.0006	-0.0584	0.0135	0.0565	-0.0392	0.0182	-0.0349	-0.0505	0.0399	0.05	-0.0118	0.0057	0.047	-0.0062	0.014	30.0031	25.9525	39.8222
4	0.5661	-0.1465	-0.0517	0.4479	-0.0612	0.468	-0.0932	0.1001	-0.0939	0.0174	0.0017	0.0404	0.1268	-0.1509	0.0915	0.0695	-0.072	0.0394	0.0845	-0.0369	0.0331	24.5952	-6.6574	8.5087
5	0.463	0.4251	-0.1134	0.4109	0.0168	0.5829	0.0201	-0.0713	0.0103	0.0281	-0.0402	0.0262	-0.0018	0.0882	0.0201	0.0229	0.0111	-0.0029	0.0492	0.0138	0.0441	74.637	28.1112	33.4197
6	0.3117	-0.189	-0.133	0.772	-0.1229	0.2659	-0.0311	-0.0171	-0.0478	-0.0099	0.0142	-0.0278	0.0479	-0.0035	0.0169	0.0576	-0.0049	0.0031	0.0166	0.0292	0.0536	68.7627	-12.1997	13.2913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 424
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 424
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	4 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	3 - 419
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	3 - 419
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	4 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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