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- PDB-2yxr: The plug domain of the SecY protein stablizes the closed state of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yxr
タイトルThe plug domain of the SecY protein stablizes the closed state of the translocation channel and maintains a membrane seal
要素
  • Preprotein translocase secG subunit
  • Preprotein translocase subunit secE
  • Preprotein translocase subunit secY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / translocon (トランスロコン) / protein translocation / signal peptide (シグナルペプチド) / membrane protein (膜タンパク質) / protein secretion / prl mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / protein transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain ...Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Li, W. / Schulman, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: The plug domain of the SecY protein stabilizes the closed state of the translocation channel and maintains a membrane seal
著者: Li, W. / Schulman, S. / Boyd, D. / Erlandson, K. / Beckwith, J. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE deletion of 57-67 and substitution with one Gly

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase subunit secY
B: Preprotein translocase subunit secE
C: Preprotein translocase secG subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6243
ポリマ－60,6243
非ポリマー00
水0
1
A: Preprotein translocase subunit secY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2051
ポリマ－46,2051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Preprotein translocase subunit secE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4511
ポリマ－8,4511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Preprotein translocase secG subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9671
ポリマ－5,9671
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area28130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.510, 150.360, 79.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase subunit secY / Protein transport protein SEC61 subunit alpha homolog


分子量: 46205.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: secY / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q60175
#2: タンパク質 Preprotein translocase subunit secE / Protein transport protein SEC61 gamma subunit homolog


分子量: 8451.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: secE / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q57817
#3: タンパク質 Preprotein translocase secG subunit / Protein transport protein SEC61 subunit beta homolog


分子量: 5967.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: secG / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P60460

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 40-55% PEG400, 50mM Glycine-HCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 14808 / Num. obs: 14742 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 110 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1449 / Rsym value: 0.739 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0026精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RHZ

1rhz


解像度: 3.6→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 103.673 / SU ML: 0.717 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / σ(I): 3.3 / ESU R Free: 0.976 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33457 465 5.3 %RANDOM
Rwork0.29782 ---
obs0.29972 8359 65.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 105.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.96 Å20 Å20 Å2
2---5.49 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3999 0 0 0 3999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9895540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.15523.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.6415726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4631515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.22261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.22881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5121.52640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91824162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43331655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7294.51378
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.601→3.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.518 9 -
Rwork0.319 131 -
obs--14.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.7141 Å / Origin y: -28.5331 Å / Origin z: -18.2369 Å
111213212223313233
T-0.2704 Å2-0.0395 Å2-0.0037 Å2-0.1607 Å20.0016 Å2---0.3028 Å2
L2.35 °20.3536 °20.4189 °2-1.9442 °2-0.0753 °2--1.7097 °2
S0.0681 Å °0.2729 Å °0.4283 Å °-0.1253 Å °0.0446 Å °0.0137 Å °-0.2427 Å °0.1603 Å °-0.1127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 4332 - 423
2X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 663 - 67
3X-RAY DIFFRACTION1CC21 - 5221 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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