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万見
- PDB-2ydo: Thermostabilised HUMAN A2a Receptor with adenosine bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydo
タイトルThermostabilised HUMAN A2a Receptor with adenosine bound
要素ADENOSINE RECEPTOR A2AAdenosine A2A receptor
キーワードRECEPTOR (受容体) / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR (Gタンパク質共役受容体) / SEVEN-HELIX RECEPTOR / AGONIST BOUND FORM / THERMOSTABILISING POINT MUTATIONS / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / 7TM RECEPTOR (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / synaptic transmission, cholinergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / 中間径フィラメント / response to caffeine / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / response to inorganic substance / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アデノシン / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lebon, G. / Warne, T. / Edwards, P.C. / Bennett, K. / Langmead, C.J. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Agonist-Bound Adenosine A(2A) Receptor Structures Reveal Common Features of Gpcr Activation.
著者: Lebon, G. / Warne, T. / Edwards, P.C. / Bennett, K. / Langmead, C.J. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Thermostabilisation of an Agonist-Bound Conformation of the Human Adenosine A(2A) Receptor.
著者: Lebon, G. / Bennett, K. / Jazayeri, A. / Tate, C.G.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSINE RECEPTOR A2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9074
ポリマ－36,0231
非ポリマー8843
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.465, 98.869, 79.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADENOSINE RECEPTOR A2A / Adenosine A2A receptor / THERMOSTABILISED HUMAN A2A RECEPTOR


分子量: 36022.773 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-317 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BRAIN脳 / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 糖 ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド / N-Octyl beta-D-thioglucopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 48 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 54 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 48 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 54 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 89 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 154 TO ALA
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 316 OF THE A2A SEQUENCE. CONSTRUCT CRYSTALLISED CONTAINS ...THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 316 OF THE A2A SEQUENCE. CONSTRUCT CRYSTALLISED CONTAINS THERMOSTABILISING MUTATIONS L48A, A54L, T65A, Q89A. REMOVAL OF GLYCOSYLATION SITE BY MUTATION N154A. AT C-TERMINUS, THERE IS A LINKER PLUS TEV CLEAVAGE SEQUENCE AAAENLYFQ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6
詳細: 0.05 M TRISHCL, PH 7.6, 9.6% PEG 200, 22.9%. PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→79.34 Å / Num. obs: 10556 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 95.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0100精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EML

3eml


解像度: 3→60.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 18.034 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.532 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26896 575 5.2 %RANDOM
Rwork0.24429 ---
obs0.24562 10556 93.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å2-0.64 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→60.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 59 18 2487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9831.973452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5293147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1355307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42122.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78615393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8111513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 35 -
Rwork0.336 745 -
obs--91.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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