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- PDB-2y7h: Atomic model of the DNA-bound methylase complex from the Type I r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y7h
タイトルAtomic model of the DNA-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.
要素
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
  • TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN
  • TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAアデニンメチルトランスフェラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / N-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Type I restriction modification DNA specificity domain / HsdM N-terminal domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-1 restriction enzyme EcoKI specificity protein / S-アデノシルメチオニン / DNA (> 10) / デオキシリボ核酸 / Type I restriction enzyme EcoKI M protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18 Å
データ登録者Kennaway, C.K. / Obarska-Kosinska, A. / White, J.H. / Tuszynska, I. / Cooper, L.P. / Bujnicki, J.M. / Trinick, J. / Dryden, D.T.F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2009
タイトル: The structure of M.EcoKI Type I DNA methyltransferase with a DNA mimic antirestriction protein.
著者: Christopher K Kennaway / Agnieszka Obarska-Kosinska / John H White / Irina Tuszynska / Laurie P Cooper / Janusz M Bujnicki / John Trinick / David T F Dryden /
要旨: Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a ...Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a Type I R/M enzyme from Escherichia coli, acts by methylation- and sequence-specific recognition, leading to either methylation of DNA or translocation and cutting at a random site, often hundreds of base pairs away. Consisting of one specificity subunit, two modification subunits, and two DNA translocase/endonuclease subunits, EcoKI is inhibited by the T7 phage antirestriction protein ocr, a DNA mimic. We present a 3D density map generated by negative-stain electron microscopy and single particle analysis of the central core of the restriction complex, the M.EcoKI M(2)S(1) methyltransferase, bound to ocr. We also present complete atomic models of M.EcoKI in complex with ocr and its cognate DNA giving a clear picture of the overall clamp-like operation of the enzyme. The model is consistent with a large body of experimental data on EcoKI published over 40 years.
履歴
登録2011年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1534
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN
B: TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN
C: TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN
D: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,2917
ポリマ-182,4945
非ポリマー7972
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN / HSDS TYPE I DNA RESTRICTION SPECIFICITY SUBUNIT / S.ECOKI / TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI ...HSDS TYPE I DNA RESTRICTION SPECIFICITY SUBUNIT / S.ECOKI / TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN / S PROTEIN


分子量: 51468.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / : K
参照: UniProt: P05719, type I site-specific deoxyribonuclease
#2: タンパク質 TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN / HSDM TYPE I DNA RESTRICTION METHYLTRANSFERASE SUBUNIT / M.ECOKI


分子量: 59378.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / : K
参照: UniProt: P08957, type I site-specific deoxyribonuclease, DNAアデニンメチルトランスフェラーゼ
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量: 6118.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FLIPPED OUT ADENINE / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#4: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP *TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'


分子量: 6149.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FLIPPED OUT ADENINE BASE / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C15H22N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: M.ECOKI WITH DNA / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20MM TRIS-CL, 100 MM NACL / pH: 4.7 / 詳細: 20MM TRIS-CL, 100 MM NACL
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: CARBON

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 1200EX / 日付: 2008年2月1日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 80 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 40000 X / 倍率(補正後): 39500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 870 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 275 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 294 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3UROモデルフィッティング
4EMAN3次元再構成
5IMAGIC3次元再構成
6MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE3次元再構成
CTF補正詳細: FILTERED AT FIRST ZERO
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: RANDOM SPHERES STARTING MODEL / 解像度: 18 Å / 粒子像の数: 17807 / ピクセルサイズ(公称値): 3.12 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.12 Å / 倍率補正: TMV
詳細: HSDM N-TERMINAL DOMAIN RETRACED FROM PDB ENTRY 2AR0. DISORDERED C-TERMINUS OF HSDM MODELLED INTO DENSITY.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--UROX REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11S7Z1
21YF21
32AR01
精密化最高解像度: 18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11972 820 54 0 12846

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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