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万見
- EMDB-22146: Structure of Mfd bound to dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22146
タイトルStructure of Mfd bound to dsDNA
マップデータfull map
試料
  • 複合体: complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state analog ADP-AlFx
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-repair-coupling factor
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*T)-3')
キーワードDNA translocase / transcription-coupled DNA repair / helicase / ATPase / DNA BINDING PROTEIN / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Zhang C / Lyumkis D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DP5 OD021396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121975 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular determinants for dsDNA translocation by the transcription-repair coupling and evolvability factor Mfd.
著者: Christiane Brugger / Cheng Zhang / Margaret M Suhanovsky / David D Kim / Amy N Sinclair / Dmitry Lyumkis / Alexandra M Deaconescu /
要旨: Mfd couples transcription to nucleotide excision repair, and acts on RNA polymerases when elongation is impeded. Depending on impediment severity, this action results in either transcription ...Mfd couples transcription to nucleotide excision repair, and acts on RNA polymerases when elongation is impeded. Depending on impediment severity, this action results in either transcription termination or elongation rescue, which rely on ATP-dependent Mfd translocation on DNA. Due to its role in antibiotic resistance, Mfd is also emerging as a prime target for developing anti-evolution drugs. Here we report the structure of DNA-bound Mfd, which reveals large DNA-induced structural changes that are linked to the active site via ATPase motif VI. These changes relieve autoinhibitory contacts between the N- and C-termini and unmask UvrA recognition determinants. We also demonstrate that translocation relies on a threonine in motif Ic, widely conserved in translocases, and a family-specific histidine near motif IVa, reminiscent of the "arginine clamp" of RNA helicases. Thus, Mfd employs a mode of DNA recognition that at its core is common to ss/ds translocases that act on DNA or RNA.
履歴
登録2020年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xeo
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 276. Å		1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 276. Å		1.15 Å/pix.
x 240 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 2.7
最小 - 最大-4.0549855 - 10.698584
平均 (標準偏差)0.004318794 (±0.45324782)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.000276.000276.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-4.05510.6990.004

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_22146_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_22146_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state...

全体名称: complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state analog ADP-AlFx
要素
  • 複合体: complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state analog ADP-AlFx
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-repair-coupling factor
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*T)-3')

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超分子 #1: complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state...

超分子名称: complex of Mfd bound to dsDNA in the presence of transition state analog ADP-AlFx
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Transcription-repair-coupling factor

分子名称: Transcription-repair-coupling factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 132.524062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHSSGL EVLFQGPHMA SMPEQYRYTL PVKAGEQRLL GELTGAACAT LVAEIAERHA GPVVLIAPDM QNALRLHDEI SQFTDQMVM NLADWETLPY DSFSPHQDII SSRLSTLYQL PTMQRGVLIV PVNTLMQRVC PHSFLHGHAL VMKKGQRLSR D ALRTQLDS ...文字列:
HHHHHHSSGL EVLFQGPHMA SMPEQYRYTL PVKAGEQRLL GELTGAACAT LVAEIAERHA GPVVLIAPDM QNALRLHDEI SQFTDQMVM NLADWETLPY DSFSPHQDII SSRLSTLYQL PTMQRGVLIV PVNTLMQRVC PHSFLHGHAL VMKKGQRLSR D ALRTQLDS AGYRHVDQVM EHGEYATRGA LLDLFPMGSE LPYRLDFFDD EIDSLRVFDV DSQRTLEEVE AINLLPAHEF PT DKAAIEL FRSQWRDTFE VKRDPEHIYQ QVSKGTLPAG IEYWQPLFFS EPLPPLFSYF PANTLLVNTG DLETSAERFQ ADT LARFEN RGVDPMRPLL PPQSLWLRVD ELFSELKNWP RVQLKTEHLP TKAANANLGF QKLPDLAVQA QQKAPLDALR KFLE TFDGP VVFSVESEGR REALGELLAR IKIAPQRIMR LDEASDRGRY LMIGAAEHGF VDTVRNLALI CESDLLGERV ARRRQ DSRR TINPDTLIRN LAELHIGQPV VHLEHGVGRY AGMTTLEAGG ITGEYLMLTY ANDAKLYVPV SSLHLISRYA GGAEEN APL HKLGGDAWSR ARQKAAEKVR DVAAELLDIY AQRAAKEGFA FKHDREQYQL FCDSFPFETT PDQAQAINAV LSDMCQP LA MDRLVCGDVG FGKTEVAMRA AFLAVDNHKQ VAVLVPTTLL AQQHYDNFRD RFANWPVRIE MISRFRSAKE QTQILAEV A EGKIDILIGT HKLLQSDVKF KDLGLLIVDE EHRFGVRHKE RIKAMRANVD ILTLTATPIP RTLNMAMSGM RDLSIIATP PARRLAVKTF VREYDSMVVR EAILREILRG GQVYYLYNDV ENIQKAAERL AELVPEARIA IGHGQMRERE LERVMNDFHH QRFNVLVCT TIIETGIDIP TANTIIIERA DHFGLAQLHQ LRGRVGRSHH QAYAWLLTPH PKAMTTDAQK RLEAIASLED L GAGFALAT HDLEIRGAGE LLGEEQSGSM ETIGFSLYME LLENAVDALK AGREPSLEDL TSQQTEVELR MPSLLPDDFI PD VNTRLSF YKRIASAKTE NELEEIKVEL IDRFGLLPDP ARTLLDIARL RQQAQKLGIR KLEGNEKGGV IEFAEKNHVN PAW LIGLLQ KQPQHYRLDG PTRLKFIQDL SERKTRIEWV RQFMRELEEN AIA

UniProtKB: Transcription-repair-coupling factor

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分子 #2: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.431186 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DG)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.5466 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMTCEP
20.0 mMTris-HCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 2.5ul Mfd-DNA complex at 1.0 mg/mL was applied to UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh grids (Quantifoil) that were previously plasma-cleaned using a Gatan Solarus (75% argon/25% oxygen atmosphere, ...詳細: 2.5ul Mfd-DNA complex at 1.0 mg/mL was applied to UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh grids (Quantifoil) that were previously plasma-cleaned using a Gatan Solarus (75% argon/25% oxygen atmosphere, 15 W for 7s), then manually blotted with a Whatman No. 1 filter paper in a cold room with >80% humidity, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 実像数: 652 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 24.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0019 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 9822
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2eyq


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 5-1147 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6xeo:
Structure of Mfd bound to dsDNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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