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万見
- PDB-2eyq: Crystal structure of Escherichia coli transcription-repair coupli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eyq
タイトルCrystal structure of Escherichia coli transcription-repair coupling factor
要素Transcription-repair coupling factor
キーワードHYDROLASE / Mfd / SF2 ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11180 / Rossmann fold - #11140 / Transcription-repair-coupling factor, D7 domain / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / : / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain ...Rossmann fold - #11180 / Rossmann fold - #11140 / Transcription-repair-coupling factor, D7 domain / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / : / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Deaconescu, A.M. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural basis for bacterial transcription-coupled DNA repair.
著者: Deaconescu, A.M. / Chambers, A.L. / Smith, A.J. / Nickels, B.E. / Hochschild, A. / Savery, N.J. / Darst, S.A.
履歴
登録2005年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription-repair coupling factor
B: Transcription-repair coupling factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,36910
ポリマ－260,8902
非ポリマー1,4808
水2,162120
1
A: Transcription-repair coupling factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1135
ポリマ－130,4451
非ポリマー6694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription-repair coupling factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2565
ポリマ－130,4451
非ポリマー8114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.870, 161.990, 161.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcription-repair coupling factor / TRCF


分子量: 130444.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mfd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30958
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% pentaerythritol ethoxylate 100 mM HEPES, pH 7.5 75mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98166 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 61409 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.295 3083 RANDOM
Rwork0.234 --
all0.234 62228 -
obs0.234 61185 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17853 0 90 120 18063

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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