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- PDB-2xat: COMPLEX OF THE HEXAPEPTIDE XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE WITH CHLO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xat
タイトルCOMPLEX OF THE HEXAPEPTIDE XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE WITH CHLORAMPHENICOL AND DESULFO-COENZYME A
要素XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE
キーワードACETYLTRANSFERASE / XENOBIOTIC (生体異物) / CHLORAMPHENICOL (クロラムフェニコール) / LEFT-HANDED BETA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クロラムフェニコール / DESULFO-COENZYME A / Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Beaman, T.W. / Sugantino, M. / Roderick, S.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the hexapeptide xenobiotic acetyltransferase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Beaman, T.W. / Sugantino, M. / Roderick, S.L.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Purification and Crystallization of Pseudomonas Aeruginosa Chloramphenicol Acetyltransferase
著者: Tian, Y. / Beaman, T.W. / Roderick, S.L.
履歴
登録1998年3月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5653
ポリマ－23,5061
非ポリマー1,0592
水0
1
A: XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6959
ポリマ－70,5193
非ポリマー3,1766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area14460 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.800, 154.800, 154.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE


分子量: 23506.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA103 / 細胞株: BL21 / プラスミド: PYT1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P26841
#2: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL / クロラムフェニコール


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DCA / DESULFO-COENZYME A / デスルホ補酵素A


分子量: 735.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 10-20% POLYETHYLENEGLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 100 MM TRIS, PH 8.5, 10 MM NICL2, 2 MM CHLORAMPHENICOL, 50 MM DESULFO-COA
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 %mPEG20001reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir
310 mM1reservoirNiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→99 Å / Num. obs: 10328 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 42067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 509 5.3 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 9553 93.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a-0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 67 0 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 69 4.7 %
Rwork0.252 1401 -
obs--87.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CLM.PARCLM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COADESULPHO_CAT.PARCOADESULPHO_CAT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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