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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wwa | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of idle yeast Ssh1 complex bound to the yeast 80S ribosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / SIGNAL SEQUENCE / MEMBRANE / TRANSPORT / RNA-BINDING / RRNA-BINDING / TRANSLOCATION / PROTEIN CONDUCTING CHANNEL / PROTEIN EXIT TUNNEL / ENDOPLASMIC RETICULUM / COTRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION / ISOPEPTIDE BOND / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane ...translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / protein transmembrane transporter activity / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / RNA binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. ...Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. / Schulten, K. / Westhof, E. / Gilmore, R. / Beckmann, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Structure of monomeric yeast and mammalian Sec61 complexes interacting with the translating ribosome. 著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric ...著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric Westhof / Reid Gilmore / Elisabet C Mandon / Roland Beckmann / 要旨: The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may ...The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may serve as an active PCC. We determined subnanometer-resolution cryo-electron microscopy structures of eukaryotic ribosome-Sec61 complexes. In combination with biochemical data, we found that in both idle and active states, the Sec complex is not oligomeric and interacts mainly via two cytoplasmic loops with the universal ribosomal adaptor site. In the active state, the ribosomal tunnel and a central pore of the monomeric PCC were occupied by the nascent chain, contacting loop 6 of the Sec complex. This provides a structural basis for the activity of a solitary Sec complex in cotranslational protein translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 2wwa.cif.gz | 341.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wwa.ent.gz | 250.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wwa_validation.pdf.gz | 911.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wwa_full_validation.pdf.gz | 976.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wwa_validation.xml.gz | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wwa_validation.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53350.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38353 |
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-PROTEIN TRANSPORT PROTEIN ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 8958.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P35179 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 9505.979 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P52871 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 DEFG
#4: RNA鎖 | 分子量: 20302.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: H5_H6_H7 FRAGMENT / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 11089.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: H24 FRAGMENT / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
#6: RNA鎖 | 分子量: 8052.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: H50 FRAGMENT / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 5700.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: H59 FRAGMENT / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
-60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 8種, 8分子 HIJKLMNO
#8: タンパク質 | 分子量: 39129.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P49626 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740 |
#10: タンパク質 | 分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05735, UniProt: P0CX82*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743 |
#13: タンパク質 | 分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39741, UniProt: P0CX84*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AN IDLE YEAST SSH1 COMPLEX BOUND TO A YEAST 80S RIBOSOME タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20 MM HEPES/KOH, PH 7.5 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1.5 MM DTT, 0.1 % (W/V) DIGITONIN pH: 7.5 詳細: 20 MM HEPES/KOH, PH 7.5 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1.5 MM DTT, 0.1 % (W/V) DIGITONIN |
試料 | 濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: CRYOGEN - ETHANE, HUMIDITY - 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYER OF FILTER PAPER, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 38000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 温度: 84 K / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 185 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUP VOLUMES | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 8.9 Å / 粒子像の数: 20400 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2375 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2375 Å 詳細: SUBDATASET RESULTED FROM SORTING AS DESCRIBED IN THE PAPER. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1669. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: METHOD--MANUAL FOLLOWED BY MDFF REFINEMENT PROTOCOL--SINGLE PARTICLE CRYO EM | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.9 Å
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