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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wsy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE TRYPTOPHAN SYNTHASE | ||||||
要素 | (TRYPTOPHAN SYNTHASE) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE / CARBON-OXYGEN LYASE / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1WSY. / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.-H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Loop closure and intersubunit communication in tryptophan synthase. 著者: Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wsy.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wsy.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wsy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wsy_validation.pdf.gz | 398.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wsy_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wsy_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wsy_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 細胞株: CB149 / プラスミド: PSTB7 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42857.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 細胞株: CB149 / プラスミド: PSTB7 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-PLP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of enzyme and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.86 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: SYNCHROTRON |
放射 | モノクロメーター: SYNCHROTRON / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.86 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→10 Å / Num. obs: 13162 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 89.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 28423 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1WSY. 開始モデル: 1WSY 1wsy 解像度: 3.05→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: TIGHTLY RESTRAINED, SEE P / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.05→3.1 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.3005 |