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- PDB-2wrg: structure of H1 1918 hemagglutinin with human receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wrg
タイトルstructure of H1 1918 hemagglutinin with human receptor
要素
  • HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
  • HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / ENVELOPE PROTEIN (エンベロープ (ウイルス)) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / その他 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
I: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
J: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
K: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
L: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
M: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,40918
ポリマ－183,1396
非ポリマー3,27012
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17110 Å2
ΔGint-2.76 kcal/mol
Surface area57760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.758, 156.843, 157.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN H AND (RESSEQ 7:42 OR RESSEQ 44:49 OR RESSEQ 49:132 OR RESSEQ 132:323 )
211CHAIN J AND (RESSEQ 7:42 OR RESSEQ 44:49 OR RESSEQ 49:132 OR RESSEQ 132:323 )
311CHAIN L AND (RESSEQ 7:42 OR RESSEQ 44:49 OR RESSEQ 49:132 OR RESSEQ 132:323 )
112CHAIN I AND (RESSEQ 501:660 )
212CHAIN K AND (RESSEQ 501:660 )
312CHAIN M AND (RESSEQ 501:660 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN


分子量: 35999.309 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 18-343 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/BREVIG MISSION/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN


分子量: 25047.072 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 345-566 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/BREVIG MISSION/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9WFX3
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 46270 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 77.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 3→29.68 Å / SU ML: 2.41 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3078 2366 5.1 %
Rwork0.2683 --
obs0.2703 46270 87.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.06 Å2 / ksol: 0.282 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.0484 Å20 Å2-0 Å2
2---1.6006 Å2-0 Å2
3----18.4478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11397 0 222 0 11619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20416160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.254267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042082
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11H2470X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12J2470X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
13L2470X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
21I1282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22K1282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
23M1282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.06120.44931140.39222182X-RAY DIFFRACTION75
3.0612-3.12770.38541250.36762234X-RAY DIFFRACTION77
3.1277-3.20040.44441140.35542356X-RAY DIFFRACTION80
3.2004-3.28030.36191290.34622363X-RAY DIFFRACTION81
3.2803-3.36890.36061390.31482401X-RAY DIFFRACTION83
3.3689-3.46790.31671290.30132446X-RAY DIFFRACTION85
3.4679-3.57960.27821250.29072460X-RAY DIFFRACTION84
3.5796-3.70740.35151220.26662545X-RAY DIFFRACTION87
3.7074-3.85550.30911450.2592577X-RAY DIFFRACTION88
3.8555-4.03060.26911360.24342592X-RAY DIFFRACTION88
4.0306-4.24250.32111420.23072600X-RAY DIFFRACTION89
4.2425-4.50740.25371710.22052719X-RAY DIFFRACTION93
4.5074-4.85410.21481540.20252758X-RAY DIFFRACTION94
4.8541-5.340.25511420.21232812X-RAY DIFFRACTION95
5.34-6.10690.2611570.22212897X-RAY DIFFRACTION97
6.1069-7.6720.26541620.23722950X-RAY DIFFRACTION98
7.672-29.68120.25421600.23673012X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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