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- PDB-2w65: Anti citrullinated Collagen type 2 antibody acc4 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w65
タイトルAnti citrullinated Collagen type 2 antibody acc4 in complex with a citrullinated peptide
要素
  • (ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4) x 2
  • COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ARTHRITIS (関節炎) / COLLAGEN TYPE II / ANTIBODY ANTI-CITRULLIN
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Uysal, H. / Bockermann, R. / Nandakumar, K.S. / Sehnert, B. / Bajtner, E. / Engstrom, A. / Serre, G. / Burkhardt, H. / Thunnissen, M.M.G.M. / Holmdahl, R.
引用ジャーナル: J. Exp. Med. / 年: 2009
タイトル: Structure and pathogenicity of antibodies specific for citrullinated collagen type II in experimental arthritis.
著者: Uysal, H. / Bockermann, R. / Nandakumar, K.S. / Sehnert, B. / Bajtner, E. / Engstrom, A. / Serre, G. / Burkhardt, H. / Thunnissen, M.M. / Holmdahl, R.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
B: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
C: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
D: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
E: COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1
F: COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8068
ポリマ－96,6146
非ポリマー1922
水3,783210
1
A: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
B: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
E: COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4034
ポリマ－48,3073
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-41.8 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PQS
2
C: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
D: ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4
F: COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4034
ポリマ－48,3073
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-36.7 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.200, 127.800, 71.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.5697, -0.01805, -0.82166), (-0.01567, -0.99982, 0.0111), (-0.8217, 0.00655, -0.56988)5.34238, -29.13669, 10.63332
2given(0.59982, -0.03208, -0.79949), (-0.01117, -0.99943, 0.03173), (-0.80005, -0.0101, -0.59984)5.22112, -28.49842, 10.78115

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要素

#1: 抗体 ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4


分子量: 23480.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MONOCLONAL B CELL HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: DBA/1
#2: 抗体 ANTI-CITRULLINATED COLLAGEN TYPE II FAB ACC4


分子量: 23924.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MONOCLONAL B CELL HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: DBA/1
#3: タンパク質・ペプチド COLLAGEN DERIVED PEPTIDE PCII-CIT1


分子量: 901.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: BASED ON THE C1 (359-367) EPITOPE OF COLLAGEN TYPE II WITH A CIRULLINE AT POSITION 360
由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.15 M AMMONIUM SULFATE, 20% PEG 3350 AND 10% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.907
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→23.4 Å / Num. obs: 45714 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.21→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W60

2w60


解像度: 2.21→24.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 12.63 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOOP 133-138 IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2407 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.237 45714 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å2-0 Å22.35 Å2
2---2.26 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→24.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6673 0 10 210 6893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.9619341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8763.00311179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0315865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.58224.444252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.525151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1171522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.24227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.23080
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.54494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02527065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38832792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0174.52276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 166
Rwork0.239 3135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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