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万見
- PDB-2v7t: X-ray crystal structure of 5'-fluorodeoxyadenosine synthase s158g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7t
タイトルX-ray crystal structure of 5'-fluorodeoxyadenosine synthase s158g mutant complexed with s-adenosyl-l-homocysteine and chloride ion
要素5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MECHANISM OF FLUORINATION / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity
類似検索 - 分子機能
Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain ...Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Fluorinase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhu, X. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2007
タイトル: Mechanism of enzymatic fluorination in Streptomyces cattleya.
著者: Zhu, X. / Robinson, D.A. / McEwan, A.R. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H.
履歴
登録2007年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3749
ポリマ－97,1143
非ポリマー1,2606
水8,071448
1
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,74818
ポリマ－194,2296
非ポリマー2,51912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area26640 Å2
ΔGint-170.6 kcal/mol
Surface area73020 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.279, 127.811, 182.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGILEILEAA8 - 2208 - 220
21ARGARGILEILEBB8 - 2208 - 220
31ARGARGILEILECC8 - 2208 - 220
12GLYGLYASPASPAA231 - 241231 - 241
22GLYGLYASPASPBB231 - 241231 - 241
32GLYGLYASPASPCC231 - 241231 - 241
13GLUGLUALAALAAA247 - 298247 - 298
23GLUGLUALAALABB247 - 298247 - 298
33GLUGLUALAALACC247 - 298247 - 298

-
要素

#1: タンパク質 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE


分子量: 32371.467 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
株: NRRL8057 / プラスミド: PEHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q70GK9, adenosyl-fluoride synthase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 158 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 158 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 158 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 158 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 158 TO GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1M CITRATE-PHOSPHATE BUFFER PH4.6, 18%(W/V)PEG1000, 0.2M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97935
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.2 Å / Num. obs: 45152 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RQP

1rqp


解像度: 2.15→36.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.832 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2358 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 45152 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--1.96 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6654 0 81 448 7183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9739429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2155870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85923.131297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.273151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9511551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6721.54485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05627008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74232814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6354.52421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1104tight positional0.050.05
2B1104tight positional0.080.05
3C1104tight positional0.080.05
1A998medium positional0.470.5
2B998medium positional0.50.5
3C998medium positional0.520.5
1A1104tight thermal0.120.5
2B1104tight thermal0.130.5
3C1104tight thermal0.130.5
1A998medium thermal0.762
2B998medium thermal0.712
3C998medium thermal0.812
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 131
Rwork0.2 3145
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2861-0.0579-0.07760.49710.11890.2244-0.02470.0695-0.23170.0177-0.050.04620.031-0.10240.0747-0.028-0.02240.0387-0.0286-0.0286-0.017222.458913.69168.3138
20.76920.15740.32640.32740.30850.7169-0.0359-0.01860.0956-0.0115-0.05390.0413-0.1503-0.05950.0898-0.01010.0185-0.0073-0.051-0.0078-0.051127.092445.007969.1443
30.50560.10910.03060.4871-0.00290.4262-0.0020.0098-0.07670.018-0.0349-0.06740.03660.07880.0368-0.03630.00920.003-0.00930.0312-0.050151.511225.185673.388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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