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- PDB-1rqr: Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzym... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1rqr | |||||||||
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Title | Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzyme, product complex | |||||||||
![]() | 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / fluorinase / central 7 stranded beta sheets / anti-parallel beta sheets | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dong, C. / Huang, F. / Deng, H. / Schaffrath, C. / Spencer, J.B. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzyme Authors: Dong, C. / Huang, F. / Deng, H. / Schaffrath, C. / Spencer, J.B. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H. #1: ![]() Title: Crystallization and X-ray diffraction of 5'-fluoro-5'-deoxyadenosine synthase, a fluorination enzyme from Streptomyces cattleya Authors: Dong, C.J. / Deng, H. / Dorward, M. / Schaffrath, C. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 174.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 147.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit |
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Components
#1: Protein | Mass: 32682.861 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 22% PEG 1000, 0.1M phosphate-citrate, 0.2M Li2SO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 293 K / pH: 7.8 / Method: vapor diffusion, sitting dropDetails: Dong, C., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 2292. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2003 / Details: 2 Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→53.64 Å / Num. all: 26303 / Num. obs: 26003 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 5.967 / Observed criterion σ(I): 5.4 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 2.67→2.74 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1821 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 99 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.7 Å / Lowest resolution: 53 Å / Num. obs: 26303 / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.058 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.67→91.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.67→2.742 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.7 Å / Lowest resolution: 53 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Lowest resolution: 2.74 Å |