PDB-2aw3: X-Ray studies on maltodextrin phosphorylase complexes: recognitio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aw3

タイトル

X-Ray studies on maltodextrin phosphorylase complexes: recognition of substrates and cathalitic mechanism of phosphorylase family

要素

Maltodextrin phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / maltopentaose / carbohydrate recognition / phosphorylase mechanism / ternary complexes with natural and inhibitory substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-glucan catabolic process / maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Geremia, S. / Campagnolo, M.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: X-ray studies on ternary complexes of maltodextrin phosphorylase.
著者: Campagnolo, M. / Campa, C. / Zorzi, R.D. / Wuerges, J. / Geremia, S.

履歴

登録	2005年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aw3.cif.gz	354.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aw3.ent.gz	284.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2aw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2aw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2av6C 2azdC 1l5vS 1l5w 1l6i 1qm5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gpa-2 2ecp-d 2asv-d 3e3l-2 2av6-d 1qm5-d 2azd-d 1e4o-d 1l5w-d 1l5v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Maltodextrin phosphorylase

B: Maltodextrin phosphorylase

ヘテロ分子

183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.297, 105.887, 219.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	ASP	1	A	A	1 - 100	1 - 100
2	1	SER	ASP	1	B	B	1 - 100	1 - 100
3	2	LEU	LEU	2	A	A	101	101
4	2	LEU	LEU	2	B	B	101	101
5	3	LEU	GLY	1	A	A	102 - 114	102 - 114
6	3	LEU	GLY	1	B	B	102 - 114	102 - 114
7	4	LEU	LEU	2	A	A	115	115
8	4	LEU	LEU	2	B	B	115	115
9	5	GLY	LYS	1	A	A	116 - 184	116 - 184
10	5	GLY	LYS	1	B	B	116 - 184	116 - 184
11	6	VAL	TRP	5	A	A	185 - 191	185 - 191
12	6	VAL	TRP	5	B	B	185 - 191	185 - 191
13	7	GLU	LEU	1	A	A	192 - 267	192 - 267
14	7	GLU	LEU	1	B	B	192 - 267	192 - 267
15	8	ARG	ARG	2	A	A	268	268
16	8	ARG	ARG	2	B	B	268	268
17	9	LEU	HIS	1	A	A	269 - 295	269 - 295
18	9	LEU	HIS	1	B	B	269 - 295	269 - 295
19	10	GLU	GLU	2	A	A	296	296
20	10	GLU	GLU	2	B	B	296	296
21	11	LEU	ASN	1	A	A	297 - 372	297 - 372
22	11	LEU	ASN	1	B	B	297 - 372	297 - 372
23	12	GLU	GLU	2	A	A	373	373
24	12	GLU	GLU	2	B	B	373	373
25	13	ILE	LYS	1	A	A	374 - 503	374 - 503
26	13	ILE	LYS	1	B	B	374 - 503	374 - 503
27	14	GLN	GLN	2	A	A	504	504
28	14	GLN	GLN	2	B	B	504	504
29	15	ALA	ARG	1	A	A	505 - 556	505 - 556
30	15	ALA	ARG	1	B	B	505 - 556	505 - 556
31	16	GLU	ALA	5	A	A	557 - 561	557 - 561
32	16	GLU	ALA	5	B	B	557 - 561	557 - 561
33	17	ASP	SER	1	A	A	562 - 716	562 - 716
34	17	ASP	SER	1	B	B	562 - 716	562 - 716
35	18	ASP	ASP	2	A	A	717	717
36	18	ASP	ASP	2	B	B	717	717
37	19	GLY	PLP	1	A	A - G	718 - 900	718
38	19	GLY	PLP	1	B	B - H	718 - 900	718
39	20	BGC	GLC	1	A	C	994 - 998
40	20	BGC	GLC	1	B	D	994 - 998

#1: タンパク質

Maltodextrin phosphorylase / MalP

分子量: 90547.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EG10560 / プラスミド: PMAP101 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA MAL518 / 参照: UniProt: P00490, glycogen phosphorylase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸

分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THE ELECTRON DENSITY MAPS AGREE WITH A DIFFERENT ASSIGNMENT OF THESE THREE CONTIGUOUS AMINO ACIDS ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, LITHIUM CHLORIDE, TRIS(HYDROXYMETHIL) AMINOMETHANE, MALTOPENTAOSE, LITHIUM SULPHATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→111.8 Å / Num. all: 90262 / Num. obs: 88185 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 12149

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1L5V

1l5v

解像度: 2.2→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 6.7 / SU ML: 0.164 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23598	4396	5 %	RANDOM
R_work	0.1755	-	-	-
obs	0.17848	83713	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12778	0	152	1162	14092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	13238
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	11846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.948	17964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	3	27532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.758	5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	14650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	13416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	7288
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.185	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.233	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.897	1.5	7920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.667	2	12710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.649	3	5318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.41	4.5	5254

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
12125	tight positional	0.06	0.05
147	medium positional	0.86	0.5
111	loose positional	1.13	5
12125	tight thermal	0.27	0.5
147	medium thermal	3.05	2
111	loose thermal	4.52	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.302	274
R_work	0.248	5856

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