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- PDB-1qm5: Phosphorylase recognition and phosphorylysis of its oligosacchari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qm5
タイトルPhosphorylase recognition and phosphorylysis of its oligosaccharide substrate: answers to a long outstanding question
要素MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
キーワードPHOSPHORYLASE / THIO-OLIGOSACCHARIDE / PHOSPHOROLYSIS / MALP / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucan catabolic process / maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Maltodextrin phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Watson, K.A. / McCleverty, C. / Geremia, S. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Johnson, L.N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Phosphorylase Recognition and Phosphorolysis of its Oligosaccharide Substrate: Answers to a Long Outstanding Question
著者: Watson, K.A. / Mccleverty, C. / Geremia, S. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Johnson, L.N.
履歴
登録1999年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52020年7月1日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
B: MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,40410
ポリマ－180,9942
非ポリマー2,4108
水13,583754
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-28.4 kcal/mol
Surface area67780 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.410, 61.500, 132.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999928, -0.011762, 0.002474), (-0.010777, 0.786185, -0.617897), (0.005323, -0.617879, -0.786255)
ベクター: -37.4114, 26.2104, 76.2085)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THE DIMERIC COMPLEX

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE / MALP / ECP


分子量: 90496.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CO-FACTOR PLP (RESID 999) LINKED TO LYS645 (K680 RABBIT MUSCLE NUMBERING)
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 細胞株: DELTA MALA518 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PMAP101 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): DELTA MALA518 / 参照: UniProt: P00490, glycogen phosphorylase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 682.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_4*S]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp4SH]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 758分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細COVALENT ATTACHMENT OF PYRIDOXAL PHOSPHATE TO LYS 645. THE PDB FILE HAS BEEN LABELED ACCORDING TO ...COVALENT ATTACHMENT OF PYRIDOXAL PHOSPHATE TO LYS 645. THE PDB FILE HAS BEEN LABELED ACCORDING TO THE NUMBERING SYSTEM USED FOR E. COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE.
配列の詳細THE SWISSPROT SEQUENCE P00490 (PHSM_ECOLI) IS FROM REFERENCE D.PALM D,R.GOERL,G.WEIDINGER,R.ZEIER,B. ...THE SWISSPROT SEQUENCE P00490 (PHSM_ECOLI) IS FROM REFERENCE D.PALM D,R.GOERL,G.WEIDINGER,R.ZEIER,B.FISCHER,R.SCHINZEL R. E. COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE: PRIMARY STRUCTURE AND DELETION MAPPING OF THE C-TERMINAL SITE. Z. NATURFORSCH. C 42: 394-400 (1987). THE SEQUENCE IN THIS PDB ENTRY MATCHES THAT IN REFERENCE F.R.BLATTNER,G.PLUNKETT III,C.A.BLOCH,N.T.PERNA,V.BURLAND, M.RILEY,J.COLLADO-VIDES,F.D.GLASNER,C.K.RODE,G.F.MAYHEW, J.GREGOR,N.W.DAVIS,H.A.KIRKPATRICK,M.A.GOEDEN,D.J.ROSE, B.MAU,Y.SHAO, THE COMPLETE GENOME SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K-12 SCIENCE 277: 1453-1474 (1997). (STRAIN=K12 / MG1655) THE CONFLICTS LISTED IN SEQADV RECORDS ARE KNOWN CONFLICTS BETWEEN THE TWO SEQUENCE DETERMINATIONS. SWS 1QM5 CONFLICT 293 293 E -> K CONFLICT 487 487 V -> E CONFLICT 489 489 L -> F CONFLICT 498 498 L -> Q CONFLICT 501 501 V -> E CONFLICT 521 521 D -> E CONFLICT 547 547 H -> R HOWEVER 1QM5 DOES NOT HAVE THESE CONFLICTS CONFLICT 681 681 E -> K CONFLICT 687 687 L -> D CONFLICT 700 700 D -> G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: (26-32)% PEG 4000, (0.1-0.6)M LICL, 0.1M TRIS/HCL PH8.5, 18 DEG C, HANGING DROP, 10MG/ML PROTEIN, 20MM GSG4, 50MM PHOSPHATE, pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
350 mM1dropNa2HPO4
426-32 %PEG40001reservoir
50.1-0.6 M1reservoirLiCl
61 MTris-HCl1reservoir
2GSG41drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS/WIGGLER
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 72681 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.1 % / % possible all: 64.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 152192
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: STRICT NCS APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1450 2 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 72681 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å2-2.06 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12756 0 152 754 13662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.023
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.713
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 64.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROPARAM.THIO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19X.PROPARAM_NEW.PLP
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_REP.PARAMPARAM.PHOSPHATE
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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