PDB-5b6i: Structure of fluorinase from Streptomyces sp. MA37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b6i

タイトル

Structure of fluorinase from Streptomyces sp. MA37

要素

Fluorinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

(R)-S-adenosyl-L-methionine hydrolase (adenosine-forming) / adenosyl-chloride synthase / adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. MA37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Xue, B. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Directed Evolution of a Fluorinase for Improved Fluorination Efficiency with a Non-native Substrate
著者: Sun, H. / Yeo, W.L. / Lim, Y.H. / Chew, X. / Smith, D.J. / Xue, B. / Chan, K.P. / Robinson, R.C. / Robins, E.G. / Zhao, H. / Ang, E.L.

履歴

登録	2016年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b6i.cif.gz	250.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b6i.ent.gz	200.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rqpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v7v-1 2c4t-1 2cc2-1 2v7t-1 1rqr-2 2v7x-1 2v7w-1 2cbx-1 2c5h-1 2c2w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.635, 125.635, 125.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-739- HOH
2	1	A-740- HOH
3	1	A-744- HOH
4	1	B-653- HOH
5	1	B-695- HOH
6	1	B-708- HOH
7	1	B-709- HOH

#1: タンパク質	Fluorinase 分子量: 34374.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. MA37 (バクテリア) 遺伝子: flA1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W0W999
#2: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 30% v/v Polyethylene glycol 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.541 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39 Å / Num. obs: 60143 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.78 % / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.87 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
SAINT		データ削減
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SAINT		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RQP

1rqp

解像度: 1.95→19.87 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 20.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	4592	4.94 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.163	48049	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4402	0	56	683	5141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	6288
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.104	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	817

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9502-1.9724	0.274	168	0.2393	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9724-1.9956	0.2682	151	0.2264	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9956-2.0199	0.2429	166	0.2188	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0199-2.0454	0.2916	176	0.2174	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.0723	0.2972	140	0.2123	2917	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0723-2.1007	0.223	162	0.2163	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1007-2.1306	0.2679	194	0.204	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1306-2.1624	0.2231	126	0.2069	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1961	0.231	144	0.1916	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.2321	0.2225	144	0.193	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2321-2.2705	0.2063	150	0.1862	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2705-2.3118	0.2104	126	0.1743	2991	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3118-2.3562	0.2498	140	0.1718	2887	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3562-2.4042	0.2279	118	0.168	2974	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4042-2.4564	0.2023	138	0.1639	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4564-2.5134	0.2216	152	0.1694	2960	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5134-2.5761	0.2625	130	0.1651	2900	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5761-2.6456	0.2123	122	0.1573	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.7233	0.1994	174	0.1553	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7233-2.811	0.1868	122	0.1564	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.811-2.9111	0.1633	170	0.1516	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-3.0273	0.1787	126	0.1501	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0273-3.1645	0.181	144	0.1468	2968	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1645-3.3307	0.1767	168	0.1432	2906	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3307-3.5382	0.153	212	0.1431	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5382-3.8097	0.1623	179	0.1328	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8097-4.1898	0.14	161	0.123	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1898-4.7886	0.1233	156	0.1161	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7886-6.0054	0.152	184	0.1485	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0054-19.8657	0.191	149	0.1882	2973	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.421	0.0408	-0.09	0.1797	-0.2424	0.3544	-0.0612	0.057	-0.0355	0.0007	0.0159	0.0099	0.0052	-0.0217	0.0001	0.0493	-0.0086	0.0069	0.0663	0.0058	0.063	-2.9898	13.7176	-47.1413
2	0.7038	0.2941	0.0884	0.942	0.1327	0.596	0.006	-0.1322	-0.0697	0.0906	0.0071	-0.0338	0.0633	0.0229	0.0008	0.053	0.0153	-0.0008	0.0794	0.0186	0.0575	0.0407	5.198	-36.9078
3	0.2613	0.668	0.4397	2.0336	1.1363	0.7387	-0.0635	-0.8327	-0.3732	0.7372	-0.0491	0.8234	0.4621	-0.4577	-0.1292	0.4465	0.0024	0.1576	0.5753	0.1627	0.5535	-11.501	2.19	-17.669
4	0.6499	0.2579	-0.3498	0.7769	0.3006	0.9695	-0.027	-0.1272	-0.1218	0.1216	-0.0066	-0.0098	0.1242	0.0229	-0	0.1224	0.0097	0.0347	0.1362	0.0265	0.1086	-27.4426	-0.0565	-26.068
5	0.5463	-0.259	0.0555	0.3615	0.2284	0.3833	0.0475	-0.0975	0.0761	0.1127	-0.0109	0.0955	-0.0658	-0.0495	-0.0007	0.1346	0.0031	0.033	0.1243	0.0117	0.0952	-25.7703	10.0979	-26.3739
6	0.3907	0.089	0.0753	0.1111	-0.1611	0.3662	0.0367	-0.0935	0.0755	0.0261	0.0379	0.0612	-0.0447	-0.1475	-0	0.1126	0.0048	0.0147	0.1438	0.0084	0.1164	-48.4477	40.9216	-8.1958
7	0.4822	0.1182	-0.1769	1.1653	-0.3705	0.8873	-0.0184	-0.1611	0.0272	0.2267	-0.0253	-0.0433	-0.1163	0.0819	-0.0004	0.1665	-0.0181	-0.0104	0.1651	0.0016	0.0919	-39.3557	41.6654	1.4999
8	0.1148	0.0846	-0.0576	0.1251	-0.0847	0.0544	-0.2592	0.0709	-0.0643	-0.0487	-0.0688	-0.4128	-0.1841	0.1884	-0.0012	0.3444	-0.0352	-0.0359	0.3702	0.1301	0.3304	-16.5993	39.1583	-1.6426
9	1.0611	0.3148	-0.166	1.1015	-0.1391	0.4612	0.0047	-0.1263	-0.1167	0.1411	-0.0289	-0.0798	0.0294	0.0306	0	0.1298	-0.0234	0.0072	0.1194	-0.0115	0.133	-15.4398	48.909	-16.5344
10	0.2645	-0.3657	0.0198	0.6737	-0.0636	0.812	-0.0899	0.0951	-0.2184	-0.0937	0.0025	-0.2793	0.0967	0.1337	-0.0075	0.1403	-0.01	-0.0008	0.1304	-0.006	0.2032	-19.3579	40.2556	-19.498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 8 THROUGH 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 35 THROUGH 186 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 187 THROUGH 200 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 201 THROUGH 277 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 278 THROUGH 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 8 THROUGH 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 35 THROUGH 186 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 187 THROUGH 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 201 THROUGH 277 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 278 THROUGH 302 )

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