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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v5n | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-12 | ||||||
要素 | CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR | ||||||
キーワード | RECEPTOR (受容体) / CATION INDEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE / MEMBRANE (生体膜) / LYSOSOME (リソソーム) / TRANSPORT / BETA BARREL (Βバレル) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / FIBRONECTIN TYPE II / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR (インスリン様成長因子) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / 小胞 / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ゴルジ体 / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / 精子形成 / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, J. / Delaine, C. / Zaccheo, O.J. / Siebold, C. / Gilbert, R.J. / van Boxel, G. / Denley, A. / Wallace, J.C. / Hassan, A.B. / Forbes, B.E. / Jones, E.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2008 タイトル: Structure and Functional Analysis of the Igf-II/Igf2R Interaction 著者: Brown, J. / Delaine, C. / Zaccheo, O.J. / Siebold, C. / Gilbert, R.J. / Van Boxel, G. / Denley, A. / Wallace, J.C. / Hassan, A.B. / Forbes, B.E. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v5n.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v5n.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v5n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32980.461 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAINS 11 AND 12, RESIDUES 1508-1799 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA胎盤 / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): LECR 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P11717 | ||
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#2: 糖 | 配列の詳細 | THE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAS BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY P11717 UNDER ...THE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAS BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY P11717 UNDER REFERENCE WITH PUBMED ID: 2957598. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, 20% (W/V) PEG 3350, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9789 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→45 Å / Num. obs: 6123 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 3.2→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 64.678 / SU ML: 0.505 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.642 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.73 Å
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拘束条件 |
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