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万見
- PDB-2v1w: Crystal structure of human LIM protein RIL (PDLIM4) PDZ domain bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1w
タイトルCrystal structure of human LIM protein RIL (PDLIM4) PDZ domain bound to the C-terminal peptide of human alpha-actinin-1
要素PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ACTIN (アクチン) / STRESS / FIBRE DYNAMICS / CYTOSKELETON (細胞骨格) / LIM DOMAIN / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


recycling endosome lumen / muscle structure development / excitatory chemical synaptic transmission / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / alpha-actinin binding / stress fiber / early endosome lumen / 接着結合 / Z disc ...recycling endosome lumen / muscle structure development / excitatory chemical synaptic transmission / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / alpha-actinin binding / stress fiber / early endosome lumen / 接着結合 / Z disc / recycling endosome membrane / lamellipodium / actin binding / heart development / actin cytoskeleton organization / early endosome membrane / postsynaptic membrane / protein phosphatase binding / 樹状突起スパイン / 細胞骨格 / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン ...Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PDZ and LIM domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Soundararajan, M. / Shrestha, L. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Elkins, J. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Soundararajan, M. / Shrestha, L. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Elkins, J. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual Binding Interactions in Pdz Domain Crystal Structures Help Explain Binding Mechanisms.
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R.C. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
B: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4945
ポリマ－19,1702
非ポリマー3253
水2,612145
1
A: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
B: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
B: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
B: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
B: PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,97720
ポリマ－76,6798
非ポリマー1,29912
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.029, 87.029, 53.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

21A-2053-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.06158, -0.90199, 0.42735), (-0.97762, -0.1408, -0.15631), (0.20116, -0.40816, -0.89047)
ベクター: 39.15546, 48.88204, 48.22211)
詳細ENTITY CRYSTALLISED CONTAINS AN ARTIFICIAL OLIGOMERISATIONC-TERMINAL TAG THAT ALLOWS MODULES TO SELF-ASSOCIATE

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要素

#1: タンパク質 PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4 / PDLIM4 / LIM PROTEIN RIL / REVERSION-INDUCED LIM PROTEIN


分子量: 9584.851 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 1-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P50479
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 20% PEG 10000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH8.5, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00234
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00234 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.55 Å / Num. obs: 16891 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 21.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GQ4

1gq4


解像度: 1.9→61.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.714 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 853 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.174 16015 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1300 0 17 145 1462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9821835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86932242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0255179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.88722.65349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62415208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4763925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4351426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3158481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5911408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.245 71
Rwork0.196 1145
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92270.22910.09921.62220.65511.83160.01510.0328-0.06130.02940.0343-0.02560.12550.035-0.0494-0.06350.0231-0.0087-0.0828-0.0189-0.07359.072127.20068.3372
22.11340.07520.28821.0392-0.20622.4264-0.0267-0.1015-0.0622-0.00940.0356-0.12440.08320.2067-0.0088-0.05950.0447-0.0299-0.0433-0.0195-0.087218.373734.845531.7488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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