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万見
- PDB-2qi9: ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qi9
タイトルABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF
要素
  • (Vitamin B12 import ...) x 2
  • Vitamin B12-binding protein btuF
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Inner membrane / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / ATP-binding / Hydrolase (加水分解酵素) / Nucleotide-binding / Periplasm (ペリプラズム)
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / cobalamin binding / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / cobalamin binding / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, vitamin B12-binding protein / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein ...ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, vitamin B12-binding protein / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / Vitamin B12 import system permease protein BtuC / Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD / Vitamin B12-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hvorup, R.N. / Goetz, B.A. / Niederer, M. / Hollenstein, K. / Perozo, E. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Asymmetry in the structure of the ABC transporter-binding protein complex BtuCD-BtuF.
著者: Hvorup, R.N. / Goetz, B.A. / Niederer, M. / Hollenstein, K. / Perozo, E. / Locher, K.P.
履歴
登録2007年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 import system permease protein btuC
B: Vitamin B12 import system permease protein btuC
C: Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD
D: Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD
F: Vitamin B12-binding protein btuF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,59919
ポリマ－152,9325
非ポリマー1,66714
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.582, 127.396, 97.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Vitamin B12 import ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Vitamin B12 import system permease protein btuC


分子量: 35375.488 Da / 分子数: 2 / 変異: C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuC / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06609
#2: タンパク質 Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD / Vitamin B12-transporting ATPase


分子量: 27520.170 Da / 分子数: 2 / 変異: C180S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuD / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06611, EC: 3.6.3.33

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#3: タンパク質 Vitamin B12-binding protein btuF


分子量: 27140.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuF / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37028

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非ポリマー , 5種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.93209, 0.97934, 0.97980
検出器日付: 2007年2月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.932091
20.979341
30.97981
反射解像度: 2.586→29.814 Å / Num. all: 74391 / Num. obs: 74100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
CCP4位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.814 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 3727 5 %
Rwork0.262 --
obs-73847 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 48.132 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 84.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.434 Å20 Å2-2.662 Å2
2--2.347 Å20 Å2
3----3.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10576 0 72 44 10692
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2po4.param
X-RAY DIFFRACTION3so4.param
X-RAY DIFFRACTION4pegdeg.param
X-RAY DIFFRACTION5hoh.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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