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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pe8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the UHM domain of human SPF45 (free form) | ||||||
要素 | Splicing factor 45 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / RRM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / RNA binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Corsini, L. / Basquin, J. / Hothorn, M. / Sattler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: U2AF-homology motif interactions are required for alternative splicing regulation by SPF45. 著者: Corsini, L. / Bonna, S. / Basquin, J. / Hothorn, M. / Scheffzek, K. / Valcarcel, J. / Sattler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pe8.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pe8.ent.gz | 21.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pe8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11690.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM17, SPF45 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96I25 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22% PEG 3,350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15 Å / Num. all: 9819 / Num. obs: 9819 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.57 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20.13 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / Num. unique all: 719 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: UHM domain homology model based on PDB-ID 1o0p 解像度: 2→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 12.328 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.6378 Å / Origin y: -6.1278 Å / Origin z: -11.5434 Å
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