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- PDB-2o01: The Structure of a plant photosystem I supercomplex at 3.4 Angstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o01
タイトルThe Structure of a plant photosystem I supercomplex at 3.4 Angstrom resolution
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 9
  • AT3g54890
  • PSI light-harvesting antenna chlorophyll a/b-binding protein
  • PSI type III chlorophyll a/b-binding protein
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
  • Photosystem I-N subunit光化学系I
  • Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Membranal Super Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / 葉緑体 / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I ...response to low light intensity stimulus / 葉緑体 / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / チラコイド / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / response to cold / 葉緑体 / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / molecular adaptor activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein like / Single helix bin / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 ...Chlorophyll a-b binding protein like / Single helix bin / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Single helix bin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / クロロフィルa / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic ...Β-カロテン / クロロフィルa / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I-N subunit / Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Amunts, A. / Drory, O. / Nelson, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: The structure of a plant photosystem I supercomplex at 3.4 A resolution.
著者: Amunts, A. / Drory, O. / Nelson, N.
履歴
登録2006年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Non-polymer description
改定 2.02023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX determination method: author determined
Remark 700SHEET determination method: author determined
Remark 750TURN determination method: author determined
Remark 999SEQUENCE Sequence for Chain K was modeled as ALA due to poor electron density, therefore alignment ...SEQUENCE Sequence for Chain K was modeled as ALA due to poor electron density, therefore alignment is unclear and residues in coordinates were labeled as UNK. Proper sequence is LGAKCDFIGSSTNLIMVTSTTLMLFAGRFGLAPSANRKATAGLRLEARDSGLQ TGDPAGFTLADTLACGTVGHIIGVGVVLGLKNIGAI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplast
E: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplast
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplast
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplast
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplast
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplast
L: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplast
N: Photosystem I-N subunit
1: AT3g54890
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
3: PSI type III chlorophyll a/b-binding protein
4: PSI light-harvesting antenna chlorophyll a/b-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,246195
ポリマ－349,49917
非ポリマー154,747178
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.054, 188.784, 127.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA / PSI-A


分子量: 83669.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 株: alaska / 参照: UniProt: P05310
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB / PSI-B


分子量: 82226.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311

-
タンパク質 , 6種, 6分子 CN1234

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / Photosystem I subunit VII / 9 kDa polypeptide / PSI-C / PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793
#13: タンパク質 Photosystem I-N subunit / 光化学系I


分子量: 9767.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: Q84U30
#14: タンパク質 AT3g54890 / Chlorophyll A/B-binding protein / At3g54890/F28P10_130


分子量: 20415.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q01667
#15: タンパク質 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I


分子量: 20580.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#16: タンパク質 PSI type III chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 17929.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SY97
#17: タンパク質 PSI light-harvesting antenna chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 18561.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 9分子 DEFGHIJKL

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplast / 光化学系I / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 15553.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12353
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplast / 光化学系I / PSI-E A


分子量: 7127.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S831
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplast / 光化学系I / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17299.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12355
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplast / 光化学系I / PSI-G / Photosystem I 9 kDa protein


分子量: 10518.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12357
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplast / 光化学系I / PSI- H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein


分子量: 8143.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P22179
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I / PSI-I


分子量: 3270.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4845.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17230
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplast / 光化学系I


分子量: 3252.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplast / 光化学系I / PSI- L / PSI subunit V


分子量: 17479.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41385

-
非ポリマー , 4種, 178分子

#18: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#19: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#20: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.33 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.875 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 70551 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 3.4 / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.41
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 6034 / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1QZV

1qzv


解像度: 3.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.778 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.707 / SU B: 34.519 / SU ML: 0.625 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.975 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.409 3516 5 %RANDOM
Rwork0.348 ---
obs0.351 70551 90.85 %-
all-69817 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å22.78 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23599 0 6247 0 29846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02131845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.1012.22245477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.28453024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.94623.2851032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.622153623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.58815103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2160.23853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0231360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3880.224775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3340.219001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3370.21577
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4110.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5631.515464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.878224032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.334352416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6974.521073
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 190 -
Rwork0.292 4106 -
obs-4296 75.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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