PDB-2kmz: NMR Structure of hFn14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kmz

タイトル

NMR Structure of hFn14

要素

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A

キーワード

APOPTOSIS (アポトーシス) / Fn14 / TWEAK / TNF Receptor / CRD / TNFRSF12A /

Angiogenesis (血管新生) /

Cell adhesion (細胞接着) /

Developmental protein (ヒトの発達) / Differentiation /

Disulfide bond (ジスルフィド) /

Membrane (生体膜) / Receptor /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway /

regulation of wound healing / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway /

血管新生 /

細胞分化 /

細胞接着 / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Pellegrini, M. / Willen, L. / Perroud, M. / Krushinskie, D. / Strauch, K. / Cuervo, H. / Sun, Y. / Day, E.S. / Schneider, P. / Zheng, T.S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structure of the extracellular domains of human and Xenopus Fn14: implications in the evolution of TWEAK and Fn14 interactions.
著者: Pellegrini, M. / Willen, L. / Perroud, M. / Krushinskie, D. / Strauch, K. / Cuervo, H. / Day, E.S. / Schneider, P. / Zheng, T.S.

履歴

登録	2009年8月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.3	2013年5月1日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kmz.cif.gz	293.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kmz.ent.gz	252.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kn0C 2kn1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w4i-d 4mtu-d 6hpw-d 5tx6-3 1bhb-d 1akx-d 3bf2-d 4qq4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A

5.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	20 lowest energy structures
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A / Fibroblast growth factor-inducible immediate-early response protein 14 / FGF-inducible 14 / Tweak- ...Fibroblast growth factor-inducible immediate-early response protein 14 / FGF-inducible 14 / Tweak-receptor / TweakR 分子量: 5615.390 Da / 分子数: 1 / 断片: CRD, residues 28-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN14, TNFRSF12A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NP84

#1: タンパク質

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A / Fibroblast growth factor-inducible immediate-early response protein 14 / FGF-inducible 14 / Tweak- ...

分子量: 5615.390 Da / 分子数: 1 / 断片: CRD, residues 28-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN14, TNFRSF12A / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NP84

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	700 uM [U-99% 15N] hFn14-1, 10 mM sodium phosphate-2, 137 mM sodium chloride-3, 2.7 mM potassium chloride-4, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	700 uM hFn14-5, 10 mM sodium phosphate-6, 137 mM sodium chloride-7, 2.7 mM potassium chloride-8, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
700 uM	hFn14-1	[U-99% 15N]	1
10 mM	sodium phosphate-2		1
137 mM	sodium chloride-3		1
2.7 mM	potassium chloride-4		1
700 uM	hFn14-5		2
10 mM	sodium phosphate-6		2
137 mM	sodium chloride-7		2
2.7 mM	potassium chloride-8		2

試料状態

イオン強度: 140 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
SPARKY	3.11	Goddard	データ解析
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 lowest energy structures
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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