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- PDB-5tx6: Structure of TGF-beta2 derivative with deletion of residues 52-71... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tx6
タイトルStructure of TGF-beta2 derivative with deletion of residues 52-71 and 10 single amino acid mutations (mmTGF-beta2-7M)
要素Transforming growth factor beta-2
キーワードCYTOKINE / Growth Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of GTP binding / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Molecules associated with elastic fibres / regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / cardioblast differentiation ...positive regulation of GTP binding / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Molecules associated with elastic fibres / regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / cardioblast differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / positive regulation of heart contraction / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of macrophage cytokine production / glial cell migration / negative regulation of keratinocyte differentiation / cardiac left ventricle morphogenesis / secondary palate development / somatic stem cell division / positive regulation of integrin biosynthetic process / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / membranous septum morphogenesis / heart valve morphogenesis / negative regulation of cartilage development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / eye development / signaling / neuron fate commitment / pericyte cell differentiation / Platelet degranulation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / cranial skeletal system development / regulation of extracellular matrix organization / neural retina development / type II transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / cell-cell junction organization / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / collagen fibril organization / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / face morphogenesis / atrioventricular valve morphogenesis / activation-induced cell death of T cells / endocardial cushion morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / dopamine biosynthetic process / hair follicle morphogenesis / cartilage condensation / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / uterus development / inner ear development / outflow tract morphogenesis / hemopoiesis / positive regulation of cell division / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / hair follicle development / epithelial to mesenchymal transition / neuron development / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / epithelial cell differentiation / neutrophil chemotaxis / extracellular matrix organization / extracellular matrix / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / axon guidance / response to progesterone / kidney development / skeletal system development / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / growth factor activity / wound healing / negative regulation of cell growth / cell morphogenesis / positive regulation of immune response
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.746 Å
データ登録者Petrunak, E.M. / Hinck, A.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58670 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA172886 米国
Robert A. Welch FoundationAQ1842 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: An engineered transforming growth factor beta (TGF-beta ) monomer that functions as a dominant negative to block TGF-beta signaling.
著者: Kim, S.K. / Barron, L. / Hinck, C.S. / Petrunak, E.M. / Cano, K.E. / Thangirala, A. / Iskra, B. / Brothers, M. / Vonberg, M. / Leal, B. / Richter, B. / Kodali, R. / Taylor, A.B. / Du, S. / ...著者: Kim, S.K. / Barron, L. / Hinck, C.S. / Petrunak, E.M. / Cano, K.E. / Thangirala, A. / Iskra, B. / Brothers, M. / Vonberg, M. / Leal, B. / Richter, B. / Kodali, R. / Taylor, A.B. / Du, S. / Barnes, C.O. / Sulea, T. / Calero, G. / Hart, P.J. / Hart, M.J. / Demeler, B. / Hinck, A.P.
履歴
登録2016年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transforming growth factor beta-2
A: Transforming growth factor beta-2
C: Transforming growth factor beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9374
ポリマ－31,8973
非ポリマー401
水1,13563
1
A: Transforming growth factor beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6722
ポリマ－10,6321
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transforming growth factor beta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6321
ポリマ－10,6321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transforming growth factor beta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6321
ポリマ－10,6321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.744, 81.744, 80.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-2 / TGF-beta-2


分子量: 10632.378 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 303-414
変異: K25R, R26K, L51R, A74K, C77S, L89V, I92V, K94R, T95K, I98V
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 52-71 were deleted. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tgfb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27090
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 100 mM sodium acetate trihydrate pH 4.7, 25% 2-propanol, 400 mM calcium chloride dihydrate, 0.5% n-octyl-beta-D-glucoside
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.746→36.483 Å / Num. obs: 10929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rpim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.746→2.89 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rpim(I) all: 0.232 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.746→36.483 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 421 4.96 %
Rwork0.2127 --
obs0.2157 8493 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.746→36.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 1 63 2150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7632889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.539798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7461-3.14330.29451290.25732654X-RAY DIFFRACTION100
3.1433-3.95950.26861440.20052654X-RAY DIFFRACTION100
3.9595-36.48630.26371480.20232764X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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