+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j37 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME / SRP / TRANSLATION/RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / endoplasmic reticulum signal peptide binding / granulocyte differentiation / signal recognition particle / cotranslational protein targeting to membrane / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER / 7S RNA binding ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / endoplasmic reticulum signal peptide binding / granulocyte differentiation / signal recognition particle / cotranslational protein targeting to membrane / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER / 7S RNA binding / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / phototransduction / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / visual perception / neutrophil chemotaxis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / G protein-coupled receptor activity / GDP binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / membrane => GO:0016020 / nuclear body / rRNA binding / nuclear speck / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TRITICUM SP. (植物) TRITICUM SP (植物) CANIS SP. (哺乳類) HOMO SAPIENS (ヒト) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | ||||||
データ登録者 | Halic, M. / Blau, M. / Becker, T. / Mielke, T. / Pool, M.R. / Wild, K. / Sinning, I. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Following the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle. 著者: Mario Halic / Michael Blau / Thomas Becker / Thorsten Mielke / Martin R Pool / Klemens Wild / Irmgard Sinning / Roland Beckmann / 要旨: Membrane and secretory proteins can be co-translationally inserted into or translocated across the membrane. This process is dependent on signal sequence recognition on the ribosome by the signal ...Membrane and secretory proteins can be co-translationally inserted into or translocated across the membrane. This process is dependent on signal sequence recognition on the ribosome by the signal recognition particle (SRP), which results in targeting of the ribosome-nascent-chain complex to the protein-conducting channel at the membrane. Here we present an ensemble of structures at subnanometre resolution, revealing the signal sequence both at the ribosomal tunnel exit and in the bacterial and eukaryotic ribosome-SRP complexes. Molecular details of signal sequence interaction in both prokaryotic and eukaryotic complexes were obtained by fitting high-resolution molecular models. The signal sequence is presented at the ribosomal tunnel exit in an exposed position ready for accommodation in the hydrophobic groove of the rearranged SRP54 M domain. Upon ribosome binding, the SRP54 NG domain also undergoes a conformational rearrangement, priming it for the subsequent docking reaction with the NG domain of the SRP receptor. These findings provide the structural basis for improving our understanding of the early steps of co-translational protein sorting. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j37.cif.gz | 390.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2j37.ent.gz | 291.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2j37_validation.pdf.gz | 950.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2j37_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2j37_validation.xml.gz | 68.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2j37_validation.cif.gz | 98.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j37 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RIBOSOMAL PROTEIN ... , 2種, 2分子 56
#2: タンパク質 | 分子量: 14401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM SP. (植物) / 参照: UniProt: Q8L805 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 14152.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM SP (植物) / 参照: UniProt: Q5XLD9*PLUS |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AZ
#4: RNA鎖 | 分子量: 41504.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS SP. (哺乳類) |
---|---|
#8: RNA鎖 | 分子量: 90695.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) |
-SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ... , 2種, 2分子 BW
#5: タンパク質 | 分子量: 12561.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P09132 |
---|---|
#7: タンパク質 | 分子量: 55775.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS SP. (哺乳類) / 参照: UniProt: P61010 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 4S
#1: タンパク質 | 分子量: 16920.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM SP. (植物) / 参照: UniProt: O81229*PLUS |
---|---|
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1992.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS SP. (哺乳類) / 参照: UniProt: Q1WHN3*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SRP BOUND TO 80S RNCS / タイプ: RIBOSOME |
---|---|
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.7 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8 Å
|