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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ibm | ||||||
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タイトル | A novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA | ||||||
要素 | Preprotein translocase secA subunit | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / protein translocation / SecA / signal peptide binding (シグナルペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding ...cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zimmer, J. / Li, W. / Rapoport, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: A Novel Dimer Interface and Conformational Changes Revealed by an X-ray Structure of B. subtilis SecA. 著者: Zimmer, J. / Li, W. / Rapoport, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ibm.cif.gz | 307.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ibm.ent.gz | 247.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ibm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1m6nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two copies of the molecule. The monomer is believed to be the biologically active species. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88916.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: secA, div+ / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28366 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 39088 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1m6n 解像度: 3.2→40.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 55688.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0038 Å2 / ksol: 0.38555 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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