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- PDB-6sxh: Crystal structure of the accessory translocation ATPase, SecA2, f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxh
タイトルCrystal structure of the accessory translocation ATPase, SecA2, from Clostridium difficile
要素Protein translocase subunit SecA 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SecA2 / ATPase / Pathogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain ...Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / helicase superfamily c-terminal domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA 2
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lindic, N. / Loboda, J. / Usenik, A. / Turk, D.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the accessory translocation ATPase, SecA2, from Clostridium difficile
著者: Lindic, N. / Loboda, J. / Usenik, A. / Turk, D.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6611
ポリマ－89,6611
非ポリマー00
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.99, 96.85, 114.74
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA 2


分子量: 89661.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: secA2, CD630_27920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q183M9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 8.3, 0.2M sodium acetate, 18% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 42821 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Num. unique obs: 6748 / CC1/2: 0.619 / Rrim(I) all: 1.633

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAIN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tf2

1tf2


解像度: 2.3→47.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9221 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2742 42717 100 %NONE
Rwork0.2432 ---
all0.2432 ---
obs0.2432 42717 100 %-
溶媒の処理Bsol: 13.8 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 1.35 Å2 / Biso mean: 29.32 Å2 / Biso min: 0.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.222 Å20 Å20 Å2
2---3.731 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6174 0 0 315 6489
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3582 2082 100 %
Rwork0.3341 2082 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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