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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hwx | ||||||
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タイトル | Structure of human SMG6 E1282C PIN domain mutant. | ||||||
要素 | Telomerase-binding protein EST1A | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA degradation / decay / NMD / EST1A / P bodies | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of dephosphorylation / regulation of telomerase activity / negative regulation of telomere capping / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...regulation of dephosphorylation / regulation of telomerase activity / negative regulation of telomere capping / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / DNA polymerase binding / RNA endonuclease activity / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / 核小体 / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Glavan, F. / Behm-Ansmant, I. / Izaurralde, E. / Conti, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Structures of the PIN domains of SMG6 and SMG5 reveal a nuclease within the mRNA surveillance complex. 著者: Glavan, F. / Behm-Ansmant, I. / Izaurralde, E. / Conti, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hwx.cif.gz | 49.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hwx.ent.gz | 35.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hwx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hwx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20566.730 Da / 分子数: 1 / 断片: PIN domain / 変異: E1282C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EST1A / プラスミド: pGEXcs / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: Q86US8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% Jeffamine 2000, 0.1M Hepes 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 15634 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6.5 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.11 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 2.934 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.924 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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