ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | JUPITER210 | (RIGAKU/MSC)データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 322982.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.239 | 3169 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.215 | - | - | - |
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all | 0.217 | 31677 | - | - |
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obs | 0.215 | 31677 | 93.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.2121 Å2 / ksol: 0.337998 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -10.35 Å2 | 0.19 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -10.35 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 20.71 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.38 Å | 0.33 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.45 Å | 0.38 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.49 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3298 | 0 | 58 | 63 | 3419 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.88 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.15 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.9 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.17 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.39 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.317 | 477 | 9.8 % |
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Rwork | 0.292 | 4388 | - |
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obs | - | - | 88.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | sah.param | X-RAY DIFFRACTION | 4 | fmt.param | | | | | |
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