PDB-2gmp: Metal-free (apo) P. angolensis seed lectin in complex with GlcNAC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gmp

タイトル

Metal-free (apo) P. angolensis seed lectin in complex with GlcNAC-beta(1-2)Man

要素

lectin

レクチン

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

legume lectin / metal-free lectin /

sugar complex (砂糖) / GlcNAc-beta(1-2)Man /

beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pterocarpus angolensis (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Wyns, L. / Loris, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Interplay Between Metal Binding and cis/trans Isomerization in Legume Lectins: Structural and Thermodynamic Study of P. angolensis Lectin.
著者: Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Wyns, L. / Loris, R.

履歴

登録	2006年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gmp.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gmp.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gmeC 2gmmC 2gn3C 2gn7C 2gnbC 2gndC 2gnmC 2gntC 1ukg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gme-d 2gn3-d 2ji5-d 1rcw-2 6hb3-3 2gn7-d 6hb2-4 3enr-d 6hb1-3 6hb1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: lectin

B: lectin

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.112, 61.000, 128.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Subunits A and B together form the lectin dimer

#1: タンパク質

lectin /

レクチン

分子量: 27558.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Pterocarpus angolensis (マメ科) / 組織: seed

種子 / 参照: UniProt: Q8GSD2

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10% PEG6000, 20% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 373K, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 16471 / Num. obs: 16471 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.5→2.71 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.255	1318	RANDOM
R_work	0.198	-	-
all	0.203	16471	-
obs	0.203	16471	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3470	0	57	173	3700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.55

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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