PDB-2g4l: Anomalous substructure of hydroxynitrile lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g4l

タイトル

Anomalous substructure of hydroxynitrile lyase

要素

(S)-acetone-cyanohydrin lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / anomalous substructure of hydroxynitrile lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Hevea brasiliensis (パラゴムノキ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance

Remark 999

SEQUENCE RESIDUE (A CME 94 ) AND RESIDUE (A GLU 95 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.78.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g4l.cif.gz	65.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g4l.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g4hC 2g4iC 2g4jC 2g4kC 2g4mC 2g4nC 2g4oC 2g4pC 2g4qC 2g4rC 2g4sC 2g4tC 2g4uC 2g4vC 2g4wC 2g4xC 2g4yC 2g4zC 2g51C 2g52C 2g55C 2illC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c6x-1 1sck-1 3x3h-1 1yb6-1 1sc9-1 4yk7-3 5yas-2 1scq-1 1yb7-1 3rks-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: (S)-acetone-cyanohydrin lyase

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (S)-acetone-cyanohydrin lyase

ヘテロ分子

A: (S)-acetone-cyanohydrin lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.090, 106.050, 128.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-481- HOH
2	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	(S)-acetone-cyanohydrin lyase / S-hydroxynitrile lyase / S-hydroxynitrilase / Oxynitrilase 分子量: 29338.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (パラゴムノキ) / 参照: UniProt: P52704, EC: 4.1.2.39
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 28295 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.84→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.211 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE (A CME 94 ) AND RESIDUE (A GLU 95 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.78.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19654	600	2.1 %	RANDOM
R_work	0.17686	-	-	-
obs	0.17728	27695	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2061	0	26	181	2268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.986	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.678	3	4607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.011	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.941	25.258	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.252	15	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.237	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.046	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.185	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.174	1.5	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.265	1.5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	2.5	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.162	5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.443	10	864

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	42	-
R_work	0.349	2022	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.6001 Å / Origin y: 43.7535 Å / Origin z: 14.8506 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0871 Å²	-0.0126 Å²	-0.0117 Å²	-	-0.0747 Å²	0.0004 Å²	-	-	-0.1158 Å²
L	0.8699 °²	-0.0983 °²	-0.0536 °²	-	0.9684 °²	-0.0431 °²	-	-	0.8998 °²
S	0.01 Å °	-0.0858 Å °	0.0084 Å °	0.0828 Å °	-0.003 Å °	0.0256 Å °	-0.0046 Å °	-0.0329 Å °	-0.0071 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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