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- PDB-2g2r: Green-fluorescent antibody 11G10 in complex with its hapten (nitr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g2r
タイトルGreen-fluorescent antibody 11G10 in complex with its hapten (nitro-stilbene derivative)
要素
  • Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
  • Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / green-fluorescent antibody / stilbene-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TNS / Ig heavy chain Mem5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Debler, E.W. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: The Effects of Antibodies on Stilbene Excited-State Energetics.
著者: Tian, F. / Debler, E.W. / Millar, D.P. / Deniz, A.A. / Wilson, I.A. / Schultz, P.G.
履歴
登録2006年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to authors, the aminoacid sequence for the proteins in this entry has not yet ...SEQUENCE According to authors, the aminoacid sequence for the proteins in this entry has not yet been deposited in any protein sequence database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
H: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
A: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
B: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7659
ポリマ－95,7684
非ポリマー9975
水2,162120
1
L: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
H: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3344
ポリマ－47,8842
非ポリマー4502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
2
A: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
B: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4305
ポリマ－47,8842
非ポリマー5473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area38790 Å2
手法PISA
4
L: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
H: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
ヘテロ分子

A: Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain
B: Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7659
ポリマ－95,7684
非ポリマー9975
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area39690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.788, 53.761, 110.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12L
22A
13H
23B
14H
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSLA1 - 1071 - 112
21ASPASPLYSLYSAC1 - 1071 - 112
12ARGARGCYSCYSLA108 - 214113 - 219
22ARGARGCYSCYSAC108 - 214113 - 219
13GLNGLNTHRTHRHB1 - 1131 - 118
23GLNGLNTHRTHRBD1 - 1131 - 118
14ALAALAGLYGLYHB114 - 229119 - 219
24ALAALAGLYGLYBD114 - 229119 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 biological molecules: LH and AB

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要素

#1: 抗体 Green-fluorescent antibody (11G10)-light chain


分子量: 24202.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Swiss Webster
#2: 抗体 Green-fluorescent antibody (11G10)-heavy chain


分子量: 23681.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Swiss Webster / 参照: UniProt: P84751
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TNS / N-(TRANS-4'-NITRO-4-STILBENYL)-N-METHYL-5-AMINO-PENTANOIC ACID / 5-[{4-[(E)-2-(4-NITROPHENYL)VINYL]PHENYL}(METHYL)AMINO]PENTANOIC ACID


分子量: 354.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, ammoniumsulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月5日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 25702 / Num. obs: 25496 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1677 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB entry 1MRF

1mrf


解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 29.968 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25024 1257 5 %RANDOM
Rwork0.20291 ---
all0.2053 24106 --
obs0.2053 24014 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20.36 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6730 0 67 120 6917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.9649500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1745872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75824.122262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.364151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3421526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24682
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2820.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3891.54445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65427106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08633059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9244.52394
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L860tight positional0.040.05
2L840tight positional0.040.05
3H934tight positional0.040.05
4H731tight positional0.040.05
1L860tight thermal0.080.5
2L840tight thermal0.080.5
3H934tight thermal0.080.5
4H731tight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 91 -
Rwork0.327 1745 -
obs-1745 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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