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- PDB-2f7b: CatM effector binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f7b
タイトルCatM effector binding domain
要素HTH-type transcriptional regulator catM
キーワードGENE REGULATION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator CatM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baylyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and CatM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1.
著者: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C.
履歴
登録2005年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6326
ポリマ－26,2131
非ポリマー4205
水6,467359
1
A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26512
ポリマ－52,4252
非ポリマー83910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
Buried area4170 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
2
A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,52924
ポリマ－104,8514
非ポリマー1,67920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area11770 Å2
ΔGint-358 kcal/mol
Surface area34910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.184, 75.529, 102.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

SO4

詳細The biological unit (effector binding domain) is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation, 1-x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator catM / Cat operon transcriptional regulator


分子量: 26212.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア)
株: ADP1 / 遺伝子: catM, catR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07774
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 288 K / 手法: microbatch under oil
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.00727 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60.746 Å / Num. all: 22581 / Num. obs: 22581 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 20.47029 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. measured obs: 2107 / Num. unique all: 2107 / Χ2: 1.44 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2F6G

2f6g


解像度: 1.9→60.746 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.186 / SU B: 7.879 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: 14 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 1007 5.186 %Random
Rwork0.1718 ---
all0.175 18410 --
obs0.175 18410 94.441 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.296 Å20 Å20 Å2
2--0.682 Å20 Å2
3----0.978 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 21 359 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.9942387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7273.0014067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3915217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54324.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19115314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg16.097153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.931158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.21862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.77821403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0812432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1751755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.49951468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3627755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7471538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.16110630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.312102599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9490.278630.20913710.212147197.485
1.949-2.0030.233790.19213590.195147397.624
2.003-2.0610.254690.18613100.189141197.732
2.061-2.1240.293740.17812670.184137797.386
2.124-2.1940.496380.3545010.365134939.956
2.194-2.270.263570.17812140.182129997.844
2.27-2.3560.195600.1811630.181124997.918
2.356-2.4520.215700.17611390.178122898.453
2.452-2.5610.225500.17510930.177115798.79
2.561-2.6860.215660.16910210.172110298.639
2.686-2.8310.258500.1799960.182106098.679
2.831-3.0020.249530.1679570.171101899.214
3.002-3.2090.179520.1628690.16293298.82
3.209-3.4650.211490.1518420.15490099
3.465-3.7940.224490.1467640.1581999.267
3.794-4.240.257350.1397080.14474699.598
4.24-4.8920.204290.1296260.13265999.393
4.892-5.9820.214250.1675490.16957699.653
5.982-8.4190.206220.1894310.1945799.125
8.419-60.7460.318170.2472300.25127789.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9727-0.4633-0.18633.07861.40612.868-0.06110.0458-0.0361-0.0047-0.00380.1243-0.1851-0.09890.065-0.04160.00310.0170.0340.0244-0.048450.79617.88355.696
27.21833.4069-2.065817.3811-4.47338.6557-0.42140.33470.3727-1.01850.4110.2282-0.23760.03040.0105-0.0773-0.0002-0.05960.20670.0190.075640.0917.19950.73
34.8257-0.2011-1.28021.46050.71961.9671-0.0287-0.01610.42740.06060.0315-0.0434-0.32420.002-0.00280.01190.01320.0073-0.03540.0225-0.015352.9627.64461.733
411.80364.43218.04175.5541.4578.6977-0.212-0.2231-0.030.37620.0608-0.2257-0.49740.26750.15120.02060.00830.04580.0204-0.0098-0.025650.89427.06572.291
516.9209-10.5499-6.72546.76834.81214.6831-0.3005-0.2932-0.10590.33190.2356-0.2159-0.28420.1250.06490.0023-0.00420.0360.01530.03450.010255.5713.48769.363
65.9591-1.2712-2.92614.97410.70563.80410.1611-0.1486-0.05470.06510.1045-0.48520.09820.294-0.2656-0.03550.0118-0.06740.0158-0.01770.001178.9377.77362.274
73.09212.82660.759514.75125.87542.9319-0.12130.0659-0.03090.07150.1679-0.3020.01540.3875-0.0466-0.0097-0.0081-0.06870.007-0.0122-0.02878.98.98271.497
817.0563-5.74031.50527.2752-1.76692.357-0.268-0.08770.01410.49520.0736-0.1626-0.39940.06730.19440.0091-0.0708-0.02810.00770.0003-0.080374.58223.06563.186
94.6898-1.99692.69581.0235-2.0726.4807-0.1678-0.29090.28010.19780.0181-0.0855-0.5668-0.02370.14970.0291-0.031-0.06170.0134-0.0460.022672.83722.84371.58
101.38950.38781.23995.2489-0.16641.15740.02040.0570.1087-0.1198-0.0458-0.0946-0.21010.07910.02540.0012-0.01770.00330.0514-0.0016-0.025374.15620.41156.481
116.52272.96292.20723.1940.58182.7306-0.09050.08640.1025-0.15270.14650.01350.13110.104-0.056-0.00760.00020.00110.02890.01710.003170.61912.89660.437
120.4466-0.0589-1.63971.06120.40628.6489-0.1062-0.0096-0.02170.1431-0.1361-0.00080.2055-0.28220.2422-0.0378-0.024-0.00130.0331-0.025-0.00171.7878.93464.237
132.1528-1.57421.82654.4081-0.02562.0766-0.1283-0.3363-0.17730.2095-0.06640.3179-0.159-0.30510.1947-0.05530.04430.07050.08490.0164-0.014744.19420.83764.908
146.2677-0.71684.86563.8434-1.5644.0470.0627-0.28170.19960.4102-0.02510.4071-0.1308-0.4761-0.0375-0.0193-0.00560.05860.02630.01560.048148.8386.23765.78
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1190 - 11210 - 32
22113 - 12033 - 40
33121 - 14841 - 68
44149 - 15669 - 76
55157 - 16377 - 83
66164 - 17584 - 95
77176 - 18896 - 108
88189 - 199109 - 119
99200 - 220120 - 140
1010221 - 237141 - 157
1111238 - 250158 - 170
1212251 - 266171 - 186
1313267 - 289187 - 209
1414290 - 303210 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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