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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f7b | ||||||
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タイトル | CatM effector binding domain | ||||||
要素 | HTH-type transcriptional regulator catM | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baylyi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator. 著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and CatM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1. 著者: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f7b.cif.gz | 68.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f7b.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2f7b_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2f7b_full_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2f7b_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2f7b_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit (effector binding domain) is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation, 1-x, y, -z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26212.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア) 株: ADP1 / 遺伝子: catM, catR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07774 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: microbatch under oil 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.00727 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00727 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→60.746 Å / Num. all: 22581 / Num. obs: 22581 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 20.47029 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 29.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. measured obs: 2107 / Num. unique all: 2107 / Χ2: 1.44 / % possible all: 88.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 2F6G 解像度: 1.9→60.746 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.186 / SU B: 7.879 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: 14 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.847 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.746 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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