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- PDB-2h98: Crystal structure of the effector binding domain of a CatM varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h98
タイトルCrystal structure of the effector binding domain of a CatM variant, CatM(V158M)
要素HTH-type transcriptional regulator catM
キーワードTRANSCRIPTION / CatM / BenM / LTTR / Transcriptional regulator / Acinetobacter
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator CatM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ezezika, O.C. / Neidle, E.L. / Momany, C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for the altered regulatory roles of three LysR-type transcritional variants of CatM and BenM: CatM(V158M), CatM(R156H) and BenM(R156H/T157S)
著者: Ezezika, O.C. / Neidle, E.L. / Momany, C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation By BenM, a LysR-type Regulator
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C.
履歴
登録2006年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator catM
B: HTH-type transcriptional regulator catM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9314
ポリマ－70,8612
非ポリマー712
水12,953719
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.447, 51.038, 59.120
Angle α, β, γ (deg.)69.55, 89.51, 77.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator catM / Cat operon transcriptional regulator / CATM


分子量: 35430.273 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector Binding domain / 変異: V158M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 遺伝子: catM, catR / プラスミド: pET21B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07774
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 296.4 K
詳細: Precipitant:0.1 M LiCL, 0.1 M MES, 40% PEG8000 Protein: 20 mM tris HCl, 0.5 M NaCl, 250 mM imidazole, pH 7.9, 10% glycerol Equal volumes mixed, Microbatch under oil. The growing ...詳細: Precipitant:0.1 M LiCL, 0.1 M MES, 40% PEG8000 Protein: 20 mM tris HCl, 0.5 M NaCl, 250 mM imidazole, pH 7.9, 10% glycerol Equal volumes mixed, Microbatch under oil. The growing crystallization solution was in pH 6 and the protein solution was in pH 7.9 condition, temperature 296.4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 56879 / Num. obs: 34934 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 93 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 14.3 / Num. unique all: 5173 / Num. unique obs: 3450 / Χ2: 1.038 / % possible all: 89.87

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB accession code 2F7B, CatM-EBD

2f7b


解像度: 1.8→44.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.681 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1755 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.171 34930 --
obs0.171 33175 94.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.68 Å20.76 Å2
2--1.5 Å2-0.86 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3404 0 2 719 4125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9824744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74437750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6745436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40924.483145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.45615631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7371516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.23576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.22019
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1040.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1690.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.77622839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0852873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12653535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32871480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.153101208
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 126 -
Rwork0.272 2331 -
obs-2457 89.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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