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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c9t | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Acetylcholine Binding Protein (AChBP) From Aplysia Californica In Complex With alpha-Conotoxin ImI | ||||||
要素 |
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キーワード | RECEPTOR/TOXIN / RECEPTOR-TOXIN COMPLEX / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR-TOXIN COMPLEX / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / CONOTOXIN (コノトキシン) / ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR / AMIDATION (アミド) / NEUROTOXIN (神経毒) / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / TOXIN (毒素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ) CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Ulens, C. / Hogg, R.C. / Celie, P.H. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006 タイトル: Structural Determinants of Selective {Alpha}-Conotoxin Binding to a Nicotinic Acetylcholine Receptor Homolog Achbp. 著者: Ulens, C. / Hogg, R.C. / Celie, P.H. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c9t.cif.gz | 447.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c9t.ent.gz | 369.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/2c9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/2c9t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2br8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.723, 0.691, 0.008), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24688.578 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALPHA-CONOTOXIN IMI BOUND IN RECEPTOR SITES 由来: (天然) APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ) 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1356.601 Da / 分子数: 8 / Fragment: RESIDUES 5-16 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALPHA-CONOTOXIN IMI BOUND IN RECEPTOR SITES / 由来: (天然) CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ) / 参照: UniProt: P50983 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ALPHA-CONOTOXINS | 配列の詳細 | SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED ALONG WITH THE CRYSTAL STRUCTURE IN THE PROTEIN DATA BANK. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 % 解説: ALPHA-CONOTOXINS WERE REMOVED FROM THE SEARCH MODEL TO REDUCE MODEL BIAS. |
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結晶化 | 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.5, 12.5% PEG5000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→54.07 Å / Num. obs: 135691 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BR8 解像度: 2.25→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.917 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO PENTAMERS. ONE PENTAMER HAS 3 ALPHA-CONOTOXINS BOUND, THE OTHER PENTAMER HAS 5 ALPHA-CONTOXINS BOUND.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→105.41 Å
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拘束条件 |
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