PDB-5oaj: Crystal structure of mutant AChBP in complex with tropisetron (T5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oaj

タイトル

Crystal structure of mutant AChBP in complex with tropisetron (T53F, Q74R, Y110A, I135S, G162E)

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / receptor / acetylcholine binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Dawson, A. / Hunter, W.N. / de Souza, J.O. / Trumper, P.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Engineering a surrogate human heteromeric alpha / beta glycine receptor orthosteric site exploiting the structural homology and stability of acetylcholine-binding protein.
著者: Dawson, A. / Trumper, P. / de Souza, J.O. / Parker, H. / Jones, M.J. / Hales, T.G. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2017年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.2	2020年2月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5oaj.ent.gz	360.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oaj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oaj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5oaj_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	5oaj_validation.cif.gz	109.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oaj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o87C 5o8tC 5oa0C 5oadC 5oalC 5oanC 5obgC 2xysS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wzy-2 2w8g-d 4xk9-1 2byr-2 5co5-d 5lxb-1 4frr-1 2w8f-1 2wzy-1 2xyt-2 4xk9-2 3peo-1 5oal-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (5)
#71 - 2005年11月
アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

288 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.239, 137.469, 103.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	1	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
1	2	GLU	GLU	A	A	20 - 223	20 - 223
2	2	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
1	3	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	3	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
1	4	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	4	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
1	5	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	5	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	6	GLU	GLU	A	A	20 - 223	20 - 223
2	6	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
1	7	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	7	ARG	ARG	H	H	20 - 225	20 - 225
1	8	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	8	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	9	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	9	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	10	GLU	GLU	B	B	20 - 223	20 - 223
2	10	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
1	11	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	11	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
1	12	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	12	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	13	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	13	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	14	GLU	GLU	B	B	20 - 223	20 - 223
2	14	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
1	15	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	15	ARG	ARG	H	H	20 - 224	20 - 224
1	16	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	16	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	17	TYR	TYR	B	B	20 - 240	20 - 240
2	17	TYR	TYR	J	J	20 - 240	20 - 240
1	18	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	18	GLU	GLU	D	D	20 - 223	20 - 223
1	19	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	19	GLU	GLU	E	E	20 - 223	20 - 223
1	20	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	20	GLU	GLU	F	F	20 - 223	20 - 223
1	21	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
2	21	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	22	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	22	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	23	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	23	GLU	GLU	I	I	20 - 223	20 - 223
1	24	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	24	GLU	GLU	J	J	20 - 223	20 - 223
1	25	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	25	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
1	26	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	26	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	27	GLU	GLU	D	D	20 - 223	20 - 223
2	27	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
1	28	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	28	ARG	ARG	H	H	20 - 225	20 - 225
1	29	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	29	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	30	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
2	30	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	31	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	31	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	32	GLU	GLU	E	E	20 - 223	20 - 223
2	32	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
1	33	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	33	ARG	ARG	H	H	20 - 225	20 - 225
1	34	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	34	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	35	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
2	35	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	36	GLU	GLU	F	F	20 - 223	20 - 223
2	36	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
1	37	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
2	37	ARG	ARG	H	H	20 - 225	20 - 225
1	38	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
2	38	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	39	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
2	39	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	40	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
2	40	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	41	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
2	41	GLU	GLU	I	I	20 - 223	20 - 223
1	42	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
2	42	GLU	GLU	J	J	20 - 223	20 - 223
1	43	ARG	ARG	H	H	20 - 225	20 - 225
2	43	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	44	ARG	ARG	H	H	20 - 224	20 - 224
2	44	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	45	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
2	45	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質

Soluble acetylcholine receptor

分子量: 28355.773 Da / 分子数: 10 / 変異: T53F, Q74R, Y110A, I135S, G162E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q8WSF8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 588分子

#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#5: 化合物	ChemComp-TKT / (3-ENDO)-8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCT-3-YL 1H-INDOLE-3-CARBOXYLATE / TROPISETRON / トロピセトロン分子量: 284.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, アンタゴニスト*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir condition: 20% PEG3350, 0.2 M Na citrate. Protein buffer: 50 mM tris, 250 mM NaCl, pH 7.5, 5 mM tropisetron

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91739 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91739 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→42.66 Å / Num. obs: 97730 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.3 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 4799 / CC_1/2: 0.854 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xys

2xys

解像度: 2.47→42.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20781	4738	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17284	-	-	-
obs	0.17457	92964	97.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.005 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0.93 Å²
2-	-	1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→42.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16662	0	305	541	17508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	17408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	15483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.958	23667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.752	3	36014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.113	5.038	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.473	24.248	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.646	15	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.687	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	19296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.028	0.02	3568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.031	3.735	8334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.028	3.735	8333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.701	5.594	10397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.702	5.595	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.65	4.325	9074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.648	4.325	9074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.203	6.248	13270
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.778	43.306	18695
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.782	43.286	18656
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13072	0.05
1	2	B	13072	0.05
2	1	A	13058	0.04
2	2	C	13058	0.04
3	1	A	13208	0.04
3	2	D	13208	0.04
4	1	A	13136	0.05
4	2	E	13136	0.05
5	1	A	13124	0.05
5	2	F	13124	0.05
6	1	A	13056	0.04
6	2	G	13056	0.04
7	1	A	13242	0.04
7	2	H	13242	0.04
8	1	A	13244	0.04
8	2	I	13244	0.04
9	1	A	13050	0.06
9	2	J	13050	0.06
10	1	B	13030	0.04
10	2	C	13030	0.04
11	1	B	13118	0.04
11	2	D	13118	0.04
12	1	B	12990	0.06
12	2	E	12990	0.06
13	1	B	13084	0.04
13	2	F	13084	0.04
14	1	B	13040	0.04
14	2	G	13040	0.04
15	1	B	13082	0.04
15	2	H	13082	0.04
16	1	B	13126	0.04
16	2	I	13126	0.04
17	1	B	13306	0.07
17	2	J	13306	0.07
18	1	C	13060	0.04
18	2	D	13060	0.04
19	1	C	12956	0.06
19	2	E	12956	0.06
20	1	C	13002	0.04
20	2	F	13002	0.04
21	1	C	13162	0.05
21	2	G	13162	0.05
22	1	C	13024	0.05
22	2	H	13024	0.05
23	1	C	13044	0.04
23	2	I	13044	0.04
24	1	C	13000	0.06
24	2	J	13000	0.06
25	1	D	13144	0.05
25	2	E	13144	0.05
26	1	D	13162	0.04
26	2	F	13162	0.04
27	1	D	13114	0.04
27	2	G	13114	0.04
28	1	D	13240	0.04
28	2	H	13240	0.04
29	1	D	13192	0.04
29	2	I	13192	0.04
30	1	D	13148	0.05
30	2	J	13148	0.05
31	1	E	13194	0.05
31	2	F	13194	0.05
32	1	E	12976	0.06
32	2	G	12976	0.06
33	1	E	13298	0.05
33	2	H	13298	0.05
34	1	E	13154	0.06
34	2	I	13154	0.06
35	1	E	13032	0.07
35	2	J	13032	0.07
36	1	F	12974	0.05
36	2	G	12974	0.05
37	1	F	13240	0.04
37	2	H	13240	0.04
38	1	F	13166	0.04
38	2	I	13166	0.04
39	1	F	13032	0.05
39	2	J	13032	0.05
40	1	G	12884	0.04
40	2	H	12884	0.04
41	1	G	12984	0.03
41	2	I	12984	0.03
42	1	G	12898	0.06
42	2	J	12898	0.06
43	1	H	13182	0.04
43	2	I	13182	0.04
44	1	H	13092	0.05
44	2	J	13092	0.05
45	1	I	13090	0.05
45	2	J	13090	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.469→2.533 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	355	-
R_work	0.233	6845	-
obs	-	-	97.49 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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