+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bkh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Myosin VI nucleotide-free (MDInsert2) crystal structure | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN/METAL-BINDING PROTEIN (機関 (機械)) / COMPLEX (MOTOR PROTEIN-CALMODULIN) / MYOSIN VI (ミオシン) / REVERSE MYOSIN / CALMODULIN (カルモジュリン) / NON-CONVENTIONAL MYOSIN / NUCLEOTIDE-FREE CONFORMATION / MUSCLE PROTEIN (骨格筋) / MOTOR PROTEIN-METAL-BINDING PROTEIN complex (機関 (機械)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metarhodopsin inactivation / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / myosin V complex / : ...metarhodopsin inactivation / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / myosin V complex / : / regulation of secretion / kinetochore organization / : / actin filament-based movement / rhodopsin mediated signaling pathway / Neutrophil degranulation / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / channel regulator activity / vesicle transport along actin filament / cellular response to ethanol / myosin complex / クラスリン / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / inner ear morphogenesis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / 微絨毛 / centriole replication / cytoskeletal motor activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / enzyme regulator activity / ruffle / 中心小体 / filopodium / actin filament organization / マイクロフィラメント / ADP binding / sensory perception of sound / intracellular protein transport / 紡錘体 / spindle / ruffle membrane / エンドサイトーシス / actin filament binding / sensory perception of smell / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / midbody / cytoplasmic vesicle / 核膜 / vesicle / calmodulin binding / protein phosphorylation / 中心体 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Menetrey, J. / Bahloul, A. / Yengo, C. / Wells, A. / Morris, C. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: The Structure of the Myosin Vi Motor Reveals the Mechanism of Directionality Reversal 著者: Menetrey, J. / Bahloul, A. / Wells, A. / Yengo, C. / Morris, C. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bkh.cif.gz | 204.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2bkh.ent.gz | 159.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkh | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93033.078 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN-INSERT2, RESIDUES 2-816 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q29122 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62152 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY ...THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY INCORRECT BECAUSE THE CHANGES THAT ARE IN THEIR CLONE (LYS DELETION AND THE 6 MUTATIONS) ARE CONSERVED ACROSS THE MYOSIN VI FAMILY. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
---|---|
結晶化 | 詳細: 8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 49721 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OE9 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.454 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS 356-360 AND 623-639 IN CHAIN A AND 73-80 IN CHAIN B WERE NOT MODELED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|