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- PDB-3vx8: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Atg7NTD-Atg3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vx8
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana Atg7NTD-Atg3 complex
要素
  • Autophagy-related protein 3
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
キーワードLIGASE / E1-E2 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein lipidation / Atg8 activating enzyme activity / leaf senescence / ubiquitin-like protein transferase activity / defense response to fungus / autophagy / protein transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 C-terminal domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminal domain / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family ...Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 C-terminal domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminal domain / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Cytidine Deaminase; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 3 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Matoba, K. / Fujioka, Y. / Noda, N.N.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Noncanonical recognition and UBL loading of distinct E2s by autophagy-essential Atg7.
著者: Yamaguchi, M. / Matoba, K. / Sawada, R. / Fujioka, Y. / Nakatogawa, H. / Yamamoto, H. / Kobashigawa, Y. / Hoshida, H. / Akada, R. / Ohsumi, Y. / Noda, N.N. / Inagaki, F.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Autophagy-related Ubiquitin-like Protein Conjugate Atg12-Atg5 Rearranges the Catalytic Site of Atg3 to Enhance Its E2 Activity
著者: Sakoh-Nakatogawa, M. / Matoba, K. / Asai, E. / Kirisako, H. / Ishii, J. / Noda, N.N. / Inagaki, F. / Nakatogawa, H. / Ohsumi, Y.
履歴
登録2012年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
B: Autophagy-related protein 3
C: Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,0474
ポリマ－138,0474
非ポリマー00
水543
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
B: Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0232
ポリマ－69,0232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
C: Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0232
ポリマ－69,0232
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.520, 132.683, 102.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7 / ATG12-activating enzyme E1 atg7 / Autophagy-related protein 7 / AtAPG7


分子量: 36012.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 7-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ATG7, APG7, At5g45900, K15I22.10 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q94CD5
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 3 / Autophagy-related E2-like conjugation enzyme ATG3 / AtAPG3 / Protein autophagy 3


分子量: 33010.691 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-313 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ATG3, APG3, At5g61500, K11J9.3 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0WWQ1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % / Mosaicity: 0.572 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 3350, 100mM Magnesium formate, 20mM Tris-HCl, 2mM DTT, NaCl, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 15.9 % / Av σ(I) over netI: 16.48 / 数: 368027 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Χ2: 3.22 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23170 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.675010010.07516.58514.7
6.898.6710010.0964.84615
6.026.8910010.123.95415.5
5.476.0210010.1333.65415.7
5.085.4710010.1263.62516
4.785.0810010.1233.67615.9
4.544.7810010.1283.39216
4.344.5410010.143.01216.2
4.184.3410010.1472.71916.3
4.034.1810010.1642.27816.2
3.914.0310010.1792.04716.3
3.793.9110010.2061.94716.3
3.693.7910010.2341.78916.2
3.63.6910010.2711.69816.2
3.523.610010.3211.56516.2
3.453.5299.910.3471.56716.1
3.383.4599.910.4081.4916.1
3.313.3810010.4821.42116
3.263.3199.810.5621.35116.1
3.23.2699.910.6441.34714.8
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 25356 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 2.081 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.155.70.49212411.562199.8
3.15-3.215.80.4312411.562199.6
3.21-3.275.70.3912361.624199.6
3.27-3.345.80.33512621.673199.8
3.34-3.415.70.29212491.743199.9
3.41-3.495.80.25712471.7741100
3.49-3.585.70.23212521.6951100
3.58-3.685.80.2112571.8781100
3.68-3.785.80.19212441.929199.9
3.78-3.915.80.17112581.987199.9
3.91-4.045.70.15712572.062199.9
4.04-4.215.70.14112642.143199.9
4.21-4.45.70.12412652.375199.8
4.4-4.635.70.1212732.3161100
4.63-4.925.70.11312632.363199.7
4.92-5.35.60.11112822.444199.8
5.3-5.835.60.12112662.198199.9
5.83-6.675.60.11713072.296199.9
6.67-8.45.40.09913232.689199.8
8.4-504.80.06913693.467197.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.11→34.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / WRfactor Rfree: 0.2551 / WRfactor Rwork: 0.2037 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8036 / SU B: 21.357 / SU ML: 0.377 / SU Rfree: 0.4983 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 1295 5.1 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
all0.2288 ---
obs0.2287 24044 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.8 Å2 / Biso mean: 44.9797 Å2 / Biso min: 17.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→34.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7605 0 0 3 7608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9741.9610606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9245940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60823.681345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.364151303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6441544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215902
LS精密化 シェル解像度: 3.113→3.193 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 88 -
Rwork0.32 1589 -
all-1677 -
obs--91.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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