PDB-2bjn: X-ray Structure of human TPC6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bjn

タイトル

X-ray Structure of human TPC6

要素

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TPC6 /

TRAPP COMPLEX /

TETHERING (テザリング)

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex /

TRAPP complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport /

ゴルジ体 /

nervous system development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kummel, D. / Mueller, J.J. / Roske, Y. / Misselwitz, R. / Bussow, K. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2005
タイトル: The Structure of the Trapp Subunit Tpc6 Suggests a Model for a Trapp Subcomplex.
著者: Kummel, D. / Mueller, J.J. / Roske, Y. / Misselwitz, R. / Bussow, K. / Heinemann, U.

履歴

登録	2005年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bjn.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bjn.ent.gz	59.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/2bjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/2bjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7o94-2 2hak-8 4d4r-1 6hd6-1 2c27-d 3doa-d 6euv-4 4r8m-2 6fnh-3 6lz2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B

B: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.423, 57.005, 60.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B / TPC6 分子量: 18151.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: RZPD, GERMAN RESOURCE CENTRE / プラスミド: PQTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 ROSETTA / 参照: UniProt: Q86SZ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: 22-23%PEG3350,0.1M HEPES PH7.5, 0.3M(NH4)2SO4, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→23 Å / Num. obs: 32829 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.81
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / R_sym value: 0.48 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE/RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→22.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.902 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	1697	5.2 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.177	31019	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	-1.35 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2297	0	49	126	2472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.975	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.525	3	5213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.405	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.723	24.167	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.258	15	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.207	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.3	524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.3	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.5	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.293	0.3	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.219	0.5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.125	1.5	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.449	2	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.274	3	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.22	4.5	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	90
R_work	0.241	2072

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	26.5561	-5.0414	0.9193	2.8033	-0.2359	1.5575	0.0447	0.1856	0.0051	-0.0997	-0.0016	0.0824	0.0786	0.1573	-0.043	-0.1608	0.0202	0.0206	-0.1563	0.0276	-0.1815	19.3264	-4.7995	22.6044
2	9.1193	-1.8592	2.7469	24.2155	-5.9614	2.939	0.0353	-0.5744	-1.0266	0.2011	0.3696	2.3021	0.4106	-1.1576	-0.4049	-0.0596	-0.0527	0.002	0.0254	0.0381	0.2269	-1.4868	-0.033	20.7058
3	18.5846	4.4472	3.207	6.1421	0.7442	4.0472	-0.102	-0.0706	0.1529	0.0576	-0.17	-0.1333	-0.0965	0.3408	0.2721	-0.1652	0.0306	-0.0232	-0.2122	0.0495	-0.1773	14.9473	9.5912	19.9343
4	1.4921	0.4693	0.2248	14.7611	-6.13	10.4191	0.0382	0.8944	0.441	-0.3646	-0.375	-0.6498	-0.4199	1.4209	0.3368	-0.0992	-0.0493	0.0515	0.3679	0.1983	0.0243	26.4335	9.5244	10.2818
5	4.789	-4.7923	4.2109	11.6221	-6.491	11.4704	0.3179	1.1618	0.2514	-1.0454	-0.5954	-0.2639	0.0961	1.115	0.2775	0.029	0.0533	0.0869	0.4737	0.1364	-0.0045	23.26	7.0879	2.0783
6	6.5216	-0.9664	-0.8468	12.1799	-5.2417	8.8341	-0.0028	0.8971	-0.5769	-0.7239	-0.2238	-0.2811	0.8787	0.6731	0.2266	-0.0041	0.1394	0.0387	0.1955	-0.0278	-0.0754	20.9677	-2.9129	8.9685
7	3.8229	2.042	-0.5959	14.558	0.2433	3.0901	-0.0786	0.4127	-0.0361	-0.5353	0.0365	0.1114	0.0803	0.1801	0.0421	-0.1667	0.029	-0.0275	-0.0965	0.0456	-0.1801	14.848	6.6553	13.6607
8	6.1295	2.7406	1.2627	6.7127	1.8391	4.4638	-0.1404	0.6742	-0.4014	-1.6163	0.1746	0.3819	0.0197	0.254	-0.0342	-0.0157	0.0395	0.0058	0.0732	0.0389	-0.1198	14.729	4.8312	6.4165
9	7.4438	-9.4964	1.8266	26.8399	0.3269	6.0325	0.2133	0.894	0.1931	-0.998	-0.5525	-0.1489	-0.1097	0.4852	0.3391	0.0158	0.0414	0.0053	0.2032	0.1389	-0.1148	15.6852	8.7302	4.0684
10	17.7471	-0.0228	-6.6255	5.5048	-1.4564	9.2833	0.1161	0.0917	0.2586	-0.0973	-0.354	-0.4005	-0.3171	0.6882	0.2379	-0.1011	0.0221	-0.039	-0.1102	0.0882	-0.1036	20.4822	5.9295	27.7738
11	5.4031	-0.7506	-0.5679	22.6546	-12.525	14.6951	0.2247	-0.1599	0.4726	0.5461	0.6289	2.4915	-0.6517	-2.0182	-0.8536	-0.0038	0.13	0.0857	0.1389	-0.0178	0.2454	1.7062	1.5717	36.6248
12	10.0117	-4.4971	-5.5427	8.8214	3.0449	6.2581	0.2082	-0.0621	0.1699	0.0086	-0.1243	0.3452	-0.1332	-0.1664	-0.0839	-0.2007	-0.0063	-0.015	-0.2287	0.0029	-0.1883	15.0783	-7.4083	33.1756
13	0.0805	0.3282	0.1455	1.6003	2.5669	15.1028	0.1606	-0.0832	-0.6336	-0.0367	0.031	-0.4346	1.7668	1.0233	-0.1916	0.0565	0.0981	0.0073	0.0963	0.0639	0.055	32.4817	-17.0653	33.7634
14	3.1693	-2.6148	3.1578	8.8814	-4.0505	7.8934	0.0712	0.0391	-0.0482	0.1617	-0.0186	-0.1987	0.0522	0.2334	-0.0525	-0.1972	-0.0056	-0.0008	-0.1423	-0.0019	-0.1808	30.2917	-6.9909	35.9604
15	4.0188	2.2861	-0.7403	10.4135	-9.7622	15.7444	0.154	-0.4136	0.0382	0.4962	-0.4245	-0.3217	-0.0909	0.7116	0.2705	-0.0506	0.0168	-0.0557	-0.1215	0.001	-0.1351	31.1589	-5.9709	45.6695
16	6.2461	-1.2783	4.0217	11.5341	-8.1701	14.4803	-0.2817	0.1127	0.679	0.6627	-0.1137	-0.2474	-1.1484	0.3066	0.3954	0.0191	-0.037	-0.0322	-0.1563	-0.0311	-0.1121	26.6572	4.1587	40.5298
17	3.9111	-1.9994	0.9785	11.7373	-1.1222	3.2851	-0.0434	-0.2226	0.0932	0.549	-0.0074	0.4604	-0.3336	-0.1889	0.0507	-0.1636	-0.0051	0.0012	-0.1785	-0.0093	-0.2066	18.6439	-4.4039	38.2049
18	3.4183	1.827	0.3938	15.657	3.8115	4.0254	0.2486	-0.3852	0.3448	0.8556	-0.4193	0.2883	-0.2258	-0.2228	0.1707	-0.0346	-0.0012	-0.0084	-0.1073	-0.0091	-0.1648	22.0378	-2.6757	45.128
19	8.0461	9.8719	2.6919	45.3473	3.758	6.1204	0.3848	-0.6929	-0.3096	0.615	-0.3419	0.3159	0.7872	-0.8041	-0.0429	0.1073	-0.0506	-0.0801	-0.1138	0.0457	-0.1709	21.9587	-12.0574	47.434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	63 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	80 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	95 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	117 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	136 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	151 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	21 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	35 - 50
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	51 - 65
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	66 - 79
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	80 - 94
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	95 - 105
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	116 - 135
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	136 - 153
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	154 - 158

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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