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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b8p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus NDK, the first viral nucleoside diphosphate kinase | ||||||
要素 | Probable nucleoside diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NDK / phosphotransferase / nucleotide binding (ヌクレオチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mimivirus (ミミウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Jeudy, S. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009 タイトル: Dissecting the unique nucleotide specificity of mimivirus nucleoside diphosphate kinase. 著者: Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b8p.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b8p.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b8p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2b8qC 3b6bC 3ddiC 3dkdC 3ee3C 3eicC 3ejmC 3elhC 3em1C 3emtC 3enaC 3etmC 3evmC 3evoC 3evwC 3fbbC 3fbcC 3fbeC 3fbfC 3fc9C 3fcvC 3fcwC 3g2xC 3gp9C 3gpaC 1k44S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18174.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mimivirus (ミミウイルス) / 属: Mimivirusミミウイルス / 遺伝子: NDK / プラスミド: pDIGS02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5UQL3, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate 1.6M, MES 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97563 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97563 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→70.36 Å / Num. obs: 8922 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K44 解像度: 2.55→24.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1541510.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.1508 Å2 / ksol: 0.376597 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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